这一阶段，主要是商业和税收方面的改革，而现在，方牧和另外两位已经在酝酿着土地和教育方面的变法了。
由于有之前王安石方田均税法的基础，这一次对土地进行清查，过程和难度都要小了很多。
不过按照方牧的设想，限制地主和豪强继续兼并土地，才是最重要的，为了避免强烈的反弹，朝廷甚至出台了保护自有土地的法令，将地主豪强的现有土地也纳入到了保护之列。
至于教育改革，
有王安石的珠玉在前，方牧也是结合时代背景以及现有的条件，作了小范围的修改以及新学目添加。
王安石的变法，在教育方面主要为以下几点：
1.改革太学，创立“三舍法”。三舍法是将太学分为外舍、内舍和上舍，学生依据成绩依次升舍的制度。
2.恢复和发展州县地方学校，设置学官全权负责管理当地教育，地方当局不得随意干预学校事务；朝廷为地方学校充学田，从而在物质条件上为州县学校的维持提供了保障。
3.恢复与创立式学、律学、医学等专门学校以培养具有一技之长的人才。
4.编撰《三经新义》，作为统一教材。为了统一经学，宁六年设经义局王安石亲自修《诗经》《书》《周礼》三经义，由朝廷正式行成为官方考试、讲经所依据的标准教材。
方牧的改动主要也是集中在第一点和第四个方面。
将“三舍法”变更为小学、中学、大学，依据年龄和知识的接受层次，设立相应层次的教学内容。
而且，将原来太学的内容，统称为国学，除了原来加入的律学、医学、农学外，还新增了格物学、数学、工学等新的学科。
特别是在统一的教材方面，大大削减了有关经义的数量，并优化了朝廷选官的流程和标准。
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