之后，格里沙在幸存者营地找到了儿子艾伦，将使命和巨人之力托付给了艾伦，嘱托艾伦一定要夺回玛利亚之墙，一定要进入自家地下室，那里有很重要的东西。
另一方面，由于记忆被篡改，墙内人已经很少有人能记起这个世界的真相了，但是也有记忆力不受巨人之力影响，因此无法被篡改的几大家族。
阿克曼家族便是其中之一。
阿克曼家族原本是弗利茨王族的近身侍卫，是巨人研究的副产品，他们拥有超越人类极致的力量，可以继承阿克曼先祖们的战斗经验。
到了墙内，王族开始忌惮阿克曼家族的力量，开始迫害阿克曼一族，最终整个阿克曼一族仅剩凯尼、利威尔和三笠几人，其中凯尼因为阿克曼一族的认主机制，在刺杀王族成员乌利的时候，被巨人的力量折服，成为王族的打手，领导中央宪兵团，负责清理墙内一些反抗王族的人；利威尔则被调查兵团第十三任团长埃尔文引导加入调查兵团。
主角团艾伦、三笠和阿尔敏等人从第一百零四期训练兵团毕业后，随着艾伦变身进击巨人帮助人类赢得特罗斯特区战役，女巨人阿尼被擒，铠巨人莱纳和超大型巨人贝特霍尔德的暴露，调查兵团离真相越来越近。
王族为了保护初代王的秘密和维护自己的统治权，准备抓住所有的调查兵团。
凯尼借一桩命案将埃尔文团长拘捕，随后又将王族私生女希斯特利亚、艾伦以及全部调查兵团员抓获，并将仅剩七人的成员全部列为通缉对象。
那一晚，凯尼和王族仅剩的成员罗德.雷伊斯联手，将希斯特利亚和艾伦带到家族教堂地下，企图让希斯特利亚吃掉艾伦从而取回被夺走的始祖巨人之力。
然而作为调查兵团成员的希斯特利亚明白即使取回始祖巨人的力量，她也会被初代王的思想支配，不愿屈服的她背摔罗德，打翻药剂。
倒地的罗德明白胜利无望，他舔食了地上的巨人药剂，变成一百二十米的畸形巨人，但最终被希斯特利亚斩杀于城墙之下。
调查兵团扶持希斯特利亚成为女王后，玛利亚之墙夺还计划随即重启。
在希甘希纳区内外，调查兵团与兽之巨人、超大型巨人、铠之巨人与被控制的无脑巨人展开战斗。
最终，调查兵团惨胜，仅剩九人。
随后调查兵团前往了耶格尔家的地下室，获取了墙外世界的真实面貌。
而这一切，随着夏章征服马莱，都将改变……
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