五军都督府由洪承畴张之极牵头，开始对京营整顿，至少裁撤一半员额，一下子触动了勋贵最大利益，大量混吃等死的关系户找各种门路告状，每天五军都督府衙门口都被勋贵们堵得水泄不通，撒泼打诨，跪地求饶，送礼求情的到处都是，不得已调来神兵卫城管队维持秩序，加上骆养性锦衣卫，王承恩东厂番子，才不至于无法进行，光重新造册就用了半个月时间，清出虚报空额近十万，这还是英国公自己统属，地方上肯定更是触目惊心，老弱病残无法点卯着甲提枪上马的，少说也有五六万，光这两项就接近京营员额的一半，剩下的绝对也好不到哪去，崇祯皇帝看着报上来的情况，面色通红，气血上涌，朝廷每年百万两银子养的以为最精锐的三十万京营就是这副空架子，要不是自己执意革新，哪天真把自己卖了都不知道啊，越想越后怕，找来英国公成国公襄城伯新乐侯阳武侯等几十个勋贵重臣一顿臭骂，足足发泄了一个时辰的怨气才算平息，一句话，我朱家待尔等不薄，如今京营糜烂成这个样子，不愿改也得改，朕只要留下几万能战之师，将由神兵卫教官训练，余者一律开革，若再有人敢带头闹事，有一个算一个，到时可别怪朕不给情面！都滚吧！
内阁那也好不到哪去，周延儒升任内阁首辅屁股还没坐热，就投入到开海禁收商税的章程制定上，六部九卿的支持派中间派被抽调一空，又从神兵卫要来张煌言瞿式铝方以智等一大帮学习过新式理论的官员，十几天足不出户，讨论来讨论去，初步制定下了开海方略，并在北方各省实行商税，停缴自崇祯以来加派的各种农税，这些政策的出之台，大大震撼了在京的百官，来内阁闹事的官员天天都有被东厂锦衣卫拖走的，可怎么也无法平息利益相关的百官反对，明里暗里在联络各地，皇帝和内阁清楚知道，这里面暗伏着危机，尤其南面的东林老巢南京，一不小心就会祸起萧墙，不过在神兵卫的皇帝和半个朝廷重臣并没有退缩，伸头缩头早晚都是一刀，不下猛药，大明何时中兴？就看哪个刺头先冒出来承受天子之怒了。
有关减轻农民赋税的政策大部分地方官员还是支持的，每年因为交不起赋税的失地农民变成流民的比比皆是，富农变为贫雇农，地主的佃户，都是因为朝廷连年增加赋税，层层摊派到最底层的结果，最后就是活不下去揭竿而起，因此内阁第一步就是将赋税恢复到天启年间水平的政策传抄各地，作为继续免税的陕西等地现在已经初步稳定，由于西北赈灾及时，加上宋应星极力推广耐寒耐旱作物的推广，张献忠李自成没有像原来历史上那样形成百万之众，朝廷采纳了温水煮青蛙策略，不急于和义军正面交锋，而是从最底层温饱生产做起，两任钦差史可法和左懋第在神兵卫孙传庭等的大力支持下，一方面着力救济灾民，一方面组织生产自救，另一方面打击豪强和贪污受贿，使得西北局势迅速安定，流寇失去了滋养的土壤，又被周围官军屡次击破，如今被困在商洛地区，人数比原来历史上少了太多，两家加起来都不足十万了，而朝廷对石柱白杆兵的重视，支持力度超过任何一个军阀，秦良玉封侯，现在手下统管着七八万白杆兵，比原先历史上多出两三倍，武器装备也得到了质的提升，军饷粮草异常充足，并间接控制着周围贺人龙陈永福尤世威王廷臣猛如虎等总兵手下十余万官军，南面的左良玉表面上也该听从秦良玉调遣，奈何此人从来就是桀骜不驯，自打李自成张献忠从荆门撤退以后，他就小动作不断，仗着控制着荆州荆门等湖北几乎半个省的便利，收刮民脂民膏，大肆招兵买马，收拢义军败军，由原来已经超编的七八万人马，迅速扩大到近三十万，历史上李自成灭明时，左良玉这个军阀成了当时全国最大的势力，拥兵高达八十万，但就是坐视大明倾覆而不救，而现在由于穿越者的到来，他虽然和历史上一样拥兵自重，但和神兵卫全力支持的秦良玉实力上还差一大截呢。
作为现任西北剿寇事实上的总指挥，秦良玉小心谨慎如履薄冰，要不是崇祯封了她个忠贞侯，说实话要想指挥得动十几个总兵，等于天方夜谭，西北这些骄兵悍将，哪个都不是省油的灯，历史上崇祯授意孙传庭杀鸡儆猴，将不听招呼的贺人龙斩了，才勉强震慑这些刺头，由于穿越者到来，这些以往的主力被边缘化，杀贺人龙就变得无足轻重，因此诸总兵也算是因祸得福，并没有谁被军法处置，唯一不同的是，孙传庭不需要坐镇西北，而是被抽调前往东北解决心腹大患的女真，西北由原来大家都看不起的二线土司秦良玉异军突起，接管西北剿寇事宜，远来西北的官军再怎么比不上关宁军装备，也毕竟是边军，武器装备待遇上要比地方武装的白杆兵高上一大截，可现在经过神兵卫精心打造，朝廷足额发军饷，石柱白杆兵摇身一变，藤甲滕帽变成了钢甲钢盔钢枪，短短两年不到，土鸡变凤凰，装备之精粮远远超过任何一路军阀，就是关宁军现在都不一定有白杆兵威武，秦良玉心里清楚的很，这一切都是神兵卫赐予的，从一个不受待见的少数民族军队，脱胎换骨成大明精锐中的精锐，比鲤鱼跳龙门还让人不敢相信，所以她内心充满了上报君恩，感激神兵，下对得起黎民百姓的最朴素感情，一接到圣旨，就马不停蹄开始布置西北围困流寇的计划。
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