市舶司的背后是庞大的南党，他们代表的是在海外贸易中获得巨大收益的大商人、大资本家，他们决不能接受市舶司被朝廷控制，回到过去那种局面。
除此之外，市舶司的巨大收入是济世钱庄收益的主要来源之一，而济世钱庄不仅仅是张超的，更是无数张超的南党成员的，所以市舶司反腐一案牵涉到太多人的利益。
所以就在嘉靖十九年，李时竟然被国士院超过三分之二的多数反对票赶下了台，这个时候皇帝发力了，他以国士院只是他年幼登基时的临时机构为由，准备废除了国士院，以此胁迫国士院改变对李时的罢免。
除此之外，由于张超集团控制了大海，每一年运到京师的金矿收入越来越少，到了院阁之争时，张超集团索『性』直接掐断了佐渡金矿的运输，这样一来大明立刻陷入了严重的财政危机。
所以僵持了一段时间之后，嘉靖皇帝只得认输，他被迫再次放弃了李时，这一次一个来自南方的典型的南党成员，福建临浦林氏的林庭昂直接成为了首辅，从而再一次剥夺了嘉靖皇帝的权力。
再一次失败之后，嘉靖帝愤懑了很久，此时他已经完全明白他要想重振皇权必须摧毁这个以致仕的张超为代表的庞大的政商集团。
嘉靖二十年，随着张超的病故，以张超为核心的大明一代士大夫或老或死，而当时大明最有名望的将领张明镇丁忧归乡，所以嘉靖皇帝觉得时机已经成熟，他于当年冬天发动了政变，强行废除了国士院，并再一次召回了李时。
政变成功之后，志的圆满的皇帝开始了一系列倒行逆施。很快二十四衙门重新被成立，太监集团又冒了出来。
与此同时，嘉靖不顾李时的强烈反对，下令重新调查嘉靖五年的****，很快圣旨下令收回大明赐予张超的任何荣誉，诛杀张明镇，并同时查封张家以及济世钱庄。
而就在此时早就准备妥当的张氏的舰队装载着整整十万人开始向天津港进发，已经羽翼丰满，急不可耐的张氏集团终于『露』出了自己的爪牙，清君侧，诛『奸』臣，一场内战开始了。
这一场内战之初，由于文官集团的倒戈，张氏集团很快就『逼』死了嘉靖皇帝，同时选择了一个小孩子作为傀儡，继承皇位。
与文官集团想象的完全不同，张氏的新家主张明海竟然在胜利之后对于他之前的盟友文官集团下起了狠手，一系列让人无法接受的政策被执行，例如四民平等，废除贱民，改变科举考试的内容；士绅一起当差，一起纳粮等等。
愤怒至极的士绅们拥戴皇族后人开始了叛『乱』，所以残酷的内战爆发了。依托着殖民地的输血，在这场长达八年的战争中，张氏集团获得了最后的胜利，几十万甚至上百万士绅集团被诛杀或是流放，在血和火之中一个新的时代诞生了。
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