就在罗辑进入冬眠后，危机纪元13年，即2021年可控核聚变在各国科学家的共同努力下研发成功后。加入了太空军的章北海第二次与丁仪会面了解航天系统内情。
章北海为了让未来的星际战舰变成可控核聚变能源驱动，竟然在太空消灭提倡无工介质的专家。
看到如此果断地章北海，无论是华夏一方的代表还是其他国家的代表都感到十分的不可思议。
“章北海你怎么可以这么做....”这次的大会上常伟思将军可也是到场了，在看到章北海的所作所为时，常伟思内心也很是失望。
剧情继续，危机纪元20年，即2028年面壁人希恩斯与雷迪亚兹被依次唤醒；面壁人希恩斯成功的发明了思想钢印；面壁人雷迪亚兹在水星进行核试验，随后被破壁人击败,被本国人民杀死；常伟思退役。
雷迪亚兹看到自己的结局竟然是被自己国家的人民乱石砸死时，他感到了深深的挫败感，他没想到自己的结局是如此的悲剧。
危机纪元21年，2029年，希恩斯再次冬眠,决定直达末日，2036年，大低谷时期开始，2039年，思想钢印被国际法院判定为违法,信念中心关闭，2089年，大低谷时期结束,世界人口由83亿降至15亿，2113年，ETO被剿灭,在此前研制成功KILLER 5.2。
希恩斯看着自己穷尽一生研究的思想钢印竟然被认定为了违法后也是感到心灰意冷。
他看着手中的面壁者档案感到了极大地嘲讽。
危机纪元130年，也就是2138年，大低谷后重建太空舰队,三大太空舰队开始成为独立国家，在2162年，一件大事发生了，恒星187J3X被“光粒”摧毁。
罗辑在看到自己冬眠前所释放了“咒语”的恒星竟然被一发快到极致的武器瞬间摧毁后顿时明白了什么。
他结合画面中的自己掉入冰河内领悟出的黑暗森林法则，在结合叶文洁对自己说的那些话和恒星187J3X摧毁的消息。
一瞬间，他提前明悟了黑暗森林法则。了解了宇宙真相的他感觉脑袋发昏两脚发软。
“黑，真TM的黑啊。”罗辑最终喃喃道。
站在其旁边的史强自然也听到了罗辑的喃喃声，他明白罗辑肯定是领悟那个什么黑暗森林法则。
危机纪元201年，即2229年，三体第一舰队穿过第四片星际尘埃
危机纪元204年，即2212年，人类也观测到恒星187J3X1被摧毁；丁仪提出想要作为第一名近距离考察水滴的人,也获得了上级的批准。
危机纪元205年，即2213年，罗辑遇到苏醒后的史强,史强数次帮罗辑躲过KILLER5.2的袭击,罗辑、史强、希恩斯定居新生活五村。
在这一年希恩斯被其妻子以破壁人身份击败；ETO彻底覆灭。
希恩斯在看到自己的妻子竟然也是ETO的成员后再也蚌埠住了，觉得被背叛的他竟然在一时间的刺激下失魂落魄。
由于在2213年，人类有了巨大的技术突破，并且在造出了2008艘恒星级战舰后竟然傲慢的认为三体人也不过如此。
与此同时，就连大厅内的大部分人也天真的认为人类可以凭自身实力战胜三体人。
可是马上，现实就会狠狠地将他们彻底扇醒。
同一年，从冬眠苏醒的章北海也向亚洲舰队报到,并且成为了“自然选择”号执行舰长,同时还受命调查钢印族。
随后，人类检测到水滴进入了太阳系，被傲慢占据了内心的他们竟然试图捕捉水滴。
就在螳螂号试图捕捉水滴前，成为了执行舰长的章北海竟然在水滴到来之前带着自然选择号的全体船员进行了“叛逃”，而蓝色空间号、终极规律号、企业号、深空号则负责进行追击。
华夏一方的常伟思等人在看到身为一名军人的章北海叛逃也是被气的要死。
“丢人啊，丢人！”常伟思看着周围他国代表那嘲笑的目光已经不知道该说什么好了。
可是就在常伟思他们为章北海叛逃而感到耻辱时。
突然发生了异变，先是丁仪所在的螳螂号成功的“捕捉”了水滴，可是就在人们天真的以为三体人不过如此时，水滴发力了。
它首先摧毁了螳螂号，然后对亚洲舰队、欧洲舰队和北美舰队的所有恒星级战舰发动了,在不到四十分钟内共二千零八艘全灭,仅量子”号和“青铜时代”号逃离。
看到如此结果，所有人都沉默了，他们没想到人类含辛茹苦花费了两百年打造的恒星级战舰就这么被一个小小的水滴摧毁了。
原本还在为章北海叛逃的事情耿耿于怀的常伟思也陡然明白了原因，他明白了章北海并不是叛逃而是在为人类留下最后的火种。
这一刻没人在嘲笑章北海，反而是对章北海的智慧十分的敬佩。
可是接下来发生的事情又让所有在场的人类感到了深深的惊恐。
末日之战后，章北海会同四艘追击舰成立星舰地球,可是这样的局面并未能维持多久，随着资源的日渐短缺。
残酷的黑暗森林法则还是被他们践行了，两场黑暗森林战役在两侧同时爆发了。
人类战舰开始相互攻击,章北海也因此逝世。
这一场星舰地球幸存者为“蓝色空间”号,另一侧的幸存者则是“青铜时代”号。
获得了充足的资源后，两舰分别继续航行；随后得到了消息的人类世界也宣布开除“蓝色空间”号和“青铜时代”号。
为了防止人类再次动用黑暗森林法则进行反制，水滴通过发射特定的电磁波以此成功的压制了太阳的电波反射效应。
为了应对三体人，罗辑也开始领导“雪地工程”。
2216年，被剥夺了面壁者身份的罗辑被新生活五区的居民代表会议驱逐。
在所有人的目睹下罗辑在叶文洁和杨冬的墓碑旁和三体进行了沟通，罗辑成功的用黑暗森林法则威慑住了三体文明，在威慑建立后,罗辑也将摇篮系统上交联合国和太阳系舰队....
随后危机纪元结束，人类文明则进入了威慑纪元。
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