借着清军刻意放水的时机，李元胤遂命城中军民加强城池的防御力度，特意修葺了四周的城墙，增建炮台数座、窝铺六十余间，水城之上增添炮台两座，并拆除了离城四尺以内的所有房屋，用以增置楼堞。
一个多月前，尚可喜、耿继茂集三万余大军猛攻肇庆，耗费十余日，折损官兵三千余人，才将这座坚城攻克，李元胤引残兵千余至罗定州（今广东云浮市），继续抵抗。
清军主力一路往西攻去后，留韶州总兵马光明部三千余剿灭李元胤残部。而郑军待清军离开后，一千五百官兵随即进驻残破的肇庆城。
10月25日，齐军突然攻至肇庆，当日午后，迅速夺取水城，掐断了郑军南逃路线。
次日，齐军一边着令民夫拖拽火炮至城下，准备强攻肇庆城，一边让两名来自广州的郑军俘虏进城去劝降守军。
待正午时分，两名劝降的郑军俘虏出城告知，因守城将领和部分官兵家属皆在福建，不敢未战即降，否则可能祸及家人。
带队的第四陆战营长石广汉一听，顿时乐了。“不敢未战即降”，那就是要先打两下，然后你们是不是就该力战不敌，继而“被迫投降”？
十余年的潜在盟友关系，郑齐两家彼此双方人员交流甚广，移民船队往来大明时，也会经常停靠泉州、中左所（今厦门）等郑氏辖地进行一番补给休整。许多郑军将领和齐国水师军官也曾一起喝过酒，吃过席，甚至一块逛过窑子，多少有些交情。
今年一月，郑芝龙突然降清，并出动大批舰船突袭广州齐国舰队，使得两家关系瞬间变成敌对。待五月齐国汇集了主力舰队，开始打击和削弱郑氏水师。不过，在交战过程中，齐国水师官兵并没有对郑军下死手，只要郑氏舰船上的官兵主动投降，一般都会获得齐军的优待。
此前郑齐双方友好合作时，齐国就对郑军旗下的数万水手馋涎欲滴，时不时地挖些墙角，偷偷招揽一些郑氏水手。如今，与郑军作战，齐国水师除了要极力削弱郑芝龙的海上力量外，还有一个重要目标，就是全力收编郑氏的水手，以补充和扩大齐国的海军队伍。
至于郑军的陆师官兵，齐国并没放在眼里。广州一战，数千人在齐军猛烈的炮火轰塌城墙后，立时丧失战斗欲望，纷纷跪地请降。
那么这个小小的肇庆城，恐怕也难挡齐军的进攻。
然而，让人意想不到的是，肇庆城中的郑军却根本没有投降的打算，反而抵抗得异常顽强。他们利用此前明军留下的火炮，与城外齐军展开对轰。虽然炮火不甚猛烈，但也让齐军试图直接轰开城门快速破城的计划根本无法实现。
攻城战斗进行了一天，齐军除了将城墙轰开几道细小的裂缝，未取得更大的战果，反而使得炮兵伤亡十余人。这令齐军上下在惊讶之余，也是恼怒万分。
若是尚可喜等清军主力在广西被李定国击败，说不定这个时候正在往肇庆的方向逃窜。不能攻占此城，那么清军就能顺利地从肇庆往东北方向撤退，走四会、清远，至韶州，最后退回江西。
“明日再从船上卸下几门重炮。”石广汉愤愤地说道：“明日，誓要将肇庆城墙轰塌，让郑军晓得俺们齐国军队的厉害！奶奶的，南京、广州等大城都让俺们攻下来了，在这小小的肇庆城下，还会让俺们吃瘪不成？”
“营长，城中郑军防守颇有章法，领兵的将领有些门道。……咱们还是谨慎一点为好。”一名战术参谋提醒道。
“俺晓得。”石广汉看着远处肇庆城，若有所思地说道：“城中守军将领叫施琅，是近几年来郑军窜得最快的将领之一。听说，十几年前攻台湾荷兰据点的时候，他就表现得非常亮眼，让郑军第一时间攻下赤嵌城，取得了稳固的立足点，为最后全取台湾立下头功。此人打仗善于用奇，还喜欢弄险。你说，到了晚上，他会不会偷偷摸出城来，对我们发动一次夜袭？”
“营长，我这就去安排！”那名战术参谋闻言，顿时心领神会。
10月26日，夜，肇庆城守军主将施琅遣七百精兵，夜袭城外齐军大营。但遭到齐军的精心设伏，几乎全军覆没。肇庆城随即全城警戒，防备齐军趁势攻城。
然而，击灭来袭郑军后，齐军并未趁势发起攻击，而是好整以暇地继续安守大营，养精蓄锐。
10月27日，齐军集中十门火炮，密集轰击肇庆东城，至傍晚六点，此前遭到清军破坏严重的东城一段城墙出现垮塌。齐军指挥官石广汉遂命令忠义军发起突击，攻入城中。
待夜幕降临时，齐军基本清除郑军的反击。然而，令人失望的是，郑军主将施琅趁着夜色，逃出肇庆，不知所踪。
10月29日，清军韶州总兵马光明部闻之肇庆城破，立即置罗定州李元胤部明军不顾，往高州（今广东茂名市）逃去。
11月1日，清军尚可喜、耿继茂所部清军三千余陆续出现在肇庆城下，整个队伍辎重皆失，军械也丢弃毁损近半。
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