顺治九年（1652年）遇恩诏，复进世职为一等子，授议政大臣，任《太宗实录》总裁官。
顺治十年（1653年）正月，范文程又上奏恢复连坐法，奏请允许部院三品以上的大臣各举所知之人，若被举之人任官后称职，奖励保举者，如其不称职，按罪之大小，进行论罪。他认为，“此法实行，则内外皆得真才，而天下无有不治者矣”。顺治帝下诏从其议。
八月，加范文程少保兼太子太保。
九月初，年近花甲的范文程上疏顺治帝，以病奏请休致，但被顺治帝挽留。自三年前（1650年），洪承畴失陷于南京，后来被永初朝廷剐于蓬莱，清廷中枢便失去了能总览全局的能臣干将，使得国内形势显得极为被动。如今，更是探知，伪明竟然要发起一场声势浩大的江南战役，一举将清廷势力驱逐至江北，成南北割据之势。
作为清廷中少有的谋略之臣，范文程便得到了顺治帝的格外器重。在他和宁完我的主持下，清廷不仅逐步完善了官制和军制，还厘定了清朝的税收政策，稳定了北方凋敝的经济，更是帮着清廷争取笼络了大批汉族官吏，宣传施以“仁政”，并且“颇爱百姓”。经常以自己现身说法：“我大明骨，大清肉耳。”范文程当时可以说是清廷中枢的实际组织者，他不得不“昼夜在阙下，事无巨细应机立办”。因此，他深受顺治帝倚赖，凡讨伐南明的策略、策反明朝官员、进攻朝鲜、抚定蒙古、国家制度的建设等等，他都深度参与决策。
“皇上，奴才以为，索尼等诸位大人谋划江南、湖广军略已是考虑得极为细致周到，若能依之而为，足可维持目下局势，遏制伪明于我大清发起的浩大攻势。”范文程郑重地说道：“不过，在诸多情势当中，我等似乎遗漏了一个重要影响因素。”
“请范少保指教！”索尼不禁皱了一下眉头，朝范文程拱手说道。
“指教不敢当！”范文程笑着说道：“奴才只是想在此给皇上和诸位大人点出其中疏漏，以免我大清于江南局势不可收拾。我大清集结数省兵马，南下往援江宁、余杭，以抗伪明江南攻势。但我等似乎都忘了一件非常重要的事。往江南，是要渡过长江的。而江防，在敌，不在我。”
“江防，在敌，不在我。”顺治帝和诸多大臣闻言，顿时倒吸了一口气。
去岁十二月，我大清委任的靖海王郑芝龙突然又反正归明，宣布福建全省和浙江南部几个府县纳于伪明永初治下，让清廷上下显得极为被动。如此一来，不仅使得江浙和江南面临郑芝龙的威胁，而且整个长江两岸和沿海地区，顿失屏障，成为伪明和那个齐藩小邦的肆意攻击目标。
集结大军往援江南，不说到了江边能不能渡过去，就算渡过了长江，那也会面临被敌军截断后路的风险。届时，郑芝龙和那齐藩小邦以众多舟船炮舰纵横江河，试问，我大清军力再强大，如何援以江南孤军？若是战局不利，我大清八旗精锐又如何退回江北？
“若是我大清兵马行动速度够快，趁敌不备，迅速过江，然后凭借江南赋税粮秣，想来应该可以支应大军与伪明征战吧。”鳌拜眉头一挑，大声地说道。
“江南遍布河流湖泊，水网纵横密集，不利我八旗大军展开。”遏必隆摇头说道：“数年前征江南，都是以众多汉军为前导，我八旗于后督阵。如今，伪明准备集结大军，攻余杭、江宁，夺取整个江南，其势必大。我大清兵马若是应对不周，旦有差池，说不定就会……吃大亏。”
“少保对此，可有应对之策？”顺治帝问道。
“皇上，奴才建议，放弃江南，巩固江淮，以待后势！”范文程抬起头来，恳切地说道。
“范文程，你失心疯了吗?”鳌拜闻言，勃然大怒，“刚才索尼不是说了，江南为我大清提供赋税粮秣泰半，乃最为紧要之地，不容任何有失。……你就此建议放弃江南，可是要与那伪明暗通款曲，帮汉人夺回这九州天下。”
“鳌拜，不可诽言少保！”顺治帝斥道：“少保自太宗（皇太极）时，办事衙门二十余年，忠诚练达，不避艰辛，对我大清忠贞不二，朕所倚赖。”
“奴才，叩谢皇上信重！”范文程哽咽着跪倒在地。
“少保平生！起来说话。”顺治帝命人搀扶范文程站起身来，“少保，放弃江南，不仅使我大清顿失赋税重地，且江南被伪明所占，其实力骤增，恐会就此坐大。如此，对我大清可成心腹大患矣。”
“皇上，奴才刚才听闻索尼大人介绍伪明欲攻略江南之事，其中提及，伪明大军主力，乃是以原流贼孙可望、李定国之辈，沿江东下，夺江宁，战苏常。据舟山和福建明军为策应，辅攻江浙。若我大清集结重兵于江南，必然遭到伪明数路大军围攻，即使将其击退，恐实力也必然大损。更加之，江南水网密布，不利我八旗甲骑纵横往来，无法督阵诸多……汉军力战之。”
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