成化元年，增铸北镇抚司印信，一切刑狱不必关白本卫。北镇抚司拥有自己的诏狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。南、北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
廷杖就是把触怒皇帝的大臣拖出午门杖打。负责行刑的就是锦衣卫校尉，监刑的是司礼监太监。受杖官员被扒掉官服，用草绳捆绑，趴在地上，受杖80棍，行刑校尉每5棍一换，共用16人。
行刑校尉以司礼监太监的表情动作为下杖轻重的依据：若太监两脚成外八字张开，受刑之人尚能留下一条性命；若太监两脚尖靠拢，受刑之人就要毙命杖下。有明一代共行廷杖500余次，杖毙的大臣达50多人。
作为皇帝的贴身卫队，为了保证皇帝的安全，锦衣卫必须防患于未然。他们于是时时出动，刺探可能威胁皇权、危害朝廷的行为和言论，并捉捕和审讯嫌疑人。他们的这项任务被皇帝特许，并逐渐演变为军事特务的职能。
洪武时期，因为锦衣卫有非法凌辱、虐待囚犯的行为，朱元璋下诏焚毁锦衣卫刑具，废除了他们的这项职能。明成祖朱棣登基之后，恢复了锦衣卫的所有权力，并有所加强。
他设置了北镇抚司，专理“诏狱”，可以直接逮捕和拷问犯人，刑部、大理寺、都察院这些司法机关无权过问。
明宪宗成化年间又增铸了北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋须通过指挥使转达，使锦衣卫北镇抚司成为皇帝直辖的司法机构，权力达到极致。
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