撤除卫所制度，对难的还是第二问题，那就是卫所千户以上的军官去留问题，卫所千户级别以上的军官大多都是世袭，他们有每年有高额的俸禄，在地方，也有诸多的特权，若是把他们贬为平民，肯定是会出事的。
但是这件事情，难不倒叶思文，叶思文说，卫所军官的思想老化，已经不能适应现代的战争，所以说，叶思文把这些军官全部赶去读书了，济南讲武堂塞不下就往海事学院塞，俸禄照发，只要你不在眼前碍事就行了，能通过考试毕业，出来之后就授予实职，继续当官，不能通过考试，毕不了业，那就别出来，好好在学校里呆着。
济南讲武堂和海事学院两所军事学院，规章制度及其严格，若是谁敢在学校里闹事，不遵守校规，什么话都不会多说，直接开除，若是军官在入学期间，被学校开除了，其军官的身份将被收回。
据事后不完全统计，山东撤除卫所之后，一共有五百多名军官进入了济南讲武堂和海事学院学习，毕业的仅仅二十人，只占总人数的百分之四，被两所学校开除，并且剥夺军官身份的，竟高达四百多人，自此，山东的传统军官势力完全消失，取而代之的是新军的将领们。
政令第三部分，是山东即将实行的新军制，新军制仿照隋唐时期的府兵制和郡兵制，新兵制把军队的构成分为两种，一种是用于对外战争的对外野战部队，一种是用于内部守卫的地方守备部队。
在山东济南，开设山东威远大将军府，大将军府里训练的士兵，即是对外野战部队，由于对外野战部队经常要拉出去打仗，干的都是刀口舔血的事情，所以对外野战部队的福利待遇远远超过其他的队伍。
在府级以上的城市，设立守备将军府，守备将军府训练出来的士兵，即是地方守备部队，主要用于守备地方，维持地方的安全，地方守备部队的任务相对简单，所以他们的福利待遇远远低于对外野战部队。
军队的征募方式也分为两种，一种是自愿入伍，另外一种是义务入伍。
山东的男丁想要参军，有两种方式，第一种，主动报名，经过严格的选拔，进入军饷福利超高的对外野战部队，这就是自愿入伍制度，选择这种入伍方式的人，都是喜欢冒险，渴望把战争当成职业的年轻人。
由于对外野战部队的士兵退役之后，一般都可以去地方守备部队担任中下级军官，所以进入对外野战部队服役，也成了很多渴望改变命运的贫家子弟的最好选择。
第二种方式，政令规定，除在府学读书的学生外，凡是在山东年满十八岁的男丁，都有进入军队服役两年的义务，无论你是官员子弟还是农民子弟，都是一视同仁，这就是义务入伍，义务入伍的士兵一般都会进入地方守备部队，虽然福利待遇差点，不过比较安全，义务兵服役满两年之后，便可退伍，退伍之后，一般都会回原籍，继续以前的工作。
当然，如果有人在当义务兵期间喜欢上了军队生活，也可以自愿申请去对外野战部队，成为一名职业军人。
如果想混出色，混出彩，当然要在对外野战部队服役，对外野战部队打仗的机会比较多，立功的机会自然也会比较多，当然，牺牲的机会也比较多。
军队的编制，完全废除了以前的卫所制，采用后世一样的班、排、连、营、团、旅、师等级制度，初步决定，地方守备部队编制为一个旅，对外野战部队编制为一个师。
新军制确定下来，山东新军开始正式组建，一切都在有条不紊的进行。
山东威远大将军府在半年前就开始建设了，地址在济南城的城南，山东威远大将军府已经不能用府来形容了，因为将军府就是军营，是一座可以容纳两万多士兵的军事堡垒，将军府占地面积极广，里有校场、军营、马棚、仓库，基础设施完备无比。
大明崇祯八月初一，马跃就任山东威远大将军，山东威远大将军府开始正式招募对外野战部队士兵，第一期招收，招收一万人。
就在山东新政有条不紊的进行之时，暗影突然从南边发来情报，南洋有变！
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