1252年，教宗依诺增爵四世进一步批准宗教裁判所可以在审讯用刑。可用刑罚包括没收全部财产、鞭笞、监禁、终身监禁，不撤销自己异端思想的下场是火刑。由于有权搜捕嫌疑犯及同伙，这使得人人自危。
宗教裁判所存在的几个世纪中，以宗教为名进行了许多不当的审判。宗教裁判所限制了中世纪的西欧思想文化的发展，却巩固了教会的权威。另一方面，宗教裁判所与十字军一样，为天主教历史留下污名。
1229年在图卢兹曾召开一个重要会议，为要对付当时迦他利派与瓦勒度派的势力，所以在会议中决定除了诗篇和日诵祈祷书中所有经文以外，禁止所有的平信徒购买《圣经》，特别是所有的圣经译本。
会议中第二件重要性的行动就是异端裁判所的成立。中世纪后期的罗马皇帝判迦他利派与瓦勒度派为异端。
佩德罗·贝鲁格特所绘《在宗教裁判大会中的道明会会士》（Saint Dominic Presiding over an Auto-da-fé）的场景：高台上头顶有光环之主持者为圣道明。
西班牙伊莎贝拉女王于1478年要求教宗西斯笃四世准许成立，用以维护天主教的正统性，以残酷手段惩罚异端。西斯笃四世虽曾指责，但圣座始终没有禁止此种行为。
之后于1571年，来自西班牙的唐佩德罗·莫亚·孔特雷拉斯在墨西哥正式成立异端裁判所圣职部仲裁法庭，同时成为第一位裁判所长。此法庭最后停审。
教宗保禄三世于1542年成立罗马异端裁判所，对整个天主教世界的宗教审判所保有监督权。罗马异端裁判所由教宗直接管理，有别于1478年建立的西班牙异端裁判所。
保禄三世委任六名枢机构成一个中央法庭，称为神圣罗马公教异端裁判部，这个机构要求认罪的被告进行公开悔过的苦行，包括罚金、到圣地朝圣、穿上囚服、戴上桎梏、自我鞭打等。此外严重者还会被抄家或监禁，如伽利略即被判决受软禁。
罗马的宗教裁判所改为至圣圣部（Suprema Sacra Congregatio Sancti Officii），并改名为神圣信理部（Sacra Congregatio pro Doctrina Fidei）。“神圣”一词取消，成为信理部。信理部继续面对及扞卫世界价值对天主教的教义的挑战与冲击，如同性恋问题和性侵害问题等等。
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