上述的历史事实説明，在葡萄牙人进入和租居澳门之後，明政府一直是在澳门设置各种严密的管理机构，委派守澳官、县丞、同知、参将、旗员防御等文武官员直接对澳门行使主权，管理澳门的行政、军事、司法、关税等国家事务的。
第一，土地主权的行使。自万历元年，葡萄牙租居澳门後，明政府每年向葡萄牙人徵收地租银500两，另加“火耗银十五两”，共515两。每年冬至前後，由香山县派书差前往徵。
“澳门葡萄牙人一直向香山县完纳地租，这正是对领土主权的完全承认。”同时，明政府还严格规定，葡萄牙人不得在澳门买卖土地。不得在澳门建造、改建和扩建房屋。
万历四十二年，海道副使俞安性制订管理澳门葡萄牙人的amp;lt;海道禁约amp;gt;规定:
禁擅兴土木。澳夷房屋庙宇，除将现在者爰一勘查分外造册存案外，嗣後止许修葺坏烂，不得於旧有之外添造一椽一石，违者以违制律论罚，房屋庙宇仍行毁拆，变价入官。
有令必行。万历四十八年，葡人藉口防御荷兰人袭击澳门，在青洲建造房屋和防御工事，两广总督陈邦瞻和广东巡抚王尊德於天启元年初，派布政使司参政“冯从龙等毁其所筑青洲城，番亦不敢拒”。
第二，军事主权的行使。明政府均屯驻军队於澳门外围防守，又於万历二年在莲花茎处建立关闸，设把总一名、领防员60名把守，防范葡萄牙人。并规定关闸每月启闭六次，让葡萄牙人前来关闸购买粮食或副食品，并检查其是否夹带违禁货物。所以马士説:“种花家人是不会错过表示他们是这块土地的主人的机会。他们在军事方面是最高的。”
第三，司法主权的行使。明政府对澳门行使司法主权，是按法律处置触犯刑律的葡人罪犯。《大明律》规定:“凡化外人犯罪者，并依律拟断。”所以，凡是葡萄牙人在澳门犯罪，在澳门的官员均坚持了对犯人的定罪、复审、监督、执行治罪等司法主权的行使，一直亦未作任何改变。
第四，行政主权的行使。明政府对澳门行使主权是采取宏观控制的办法，即把租居澳门的葡萄牙人的一切活动置於政府统一的、绝对的管辖之下。为此，明政府对葡人发号施令，制订各种法令、章程和条例，要求葡人切实严格遵守。
如万历三十四年香山县知县蔡善继制订的amp;lt;制澳十则amp;gt;、四十二年(1614)海道副使俞安性发布的amp;lt;澳夷禁约五事amp;gt;，均是从宏观的大政方针上对澳门行使主权的重要环节。
为了使这些禁令、章程和条例能够落实到葡萄牙租居地，万历十一年，给租居澳门的葡萄牙人的市政议会民政长官授予“夷目”的职衔，或称“外国人的总管”，作为政府管理葡萄牙人事务的官吏。“夷目”向明政府负责，遇事要到议事亭向守澳官请示报告。
官员也经常在此召见“夷目”训示。同时，为了监督、检查澳门民夷事务，明政府的官员还要经常到澳门巡视，了解情况，传谕政令，而且每次出巡均事前通知澳葡当局，做好接待工作。
第五，海关主权的行使。明政府在澳门行使海关主权，首先规定:凡是葡萄牙等外国商船进入澳门贸易和居留，必须持有明政府发给的部票(入港许可证)。
其次，凡到澳门贸易的葡萄牙等外国商船必须向政府办理申报手续，和向澳门海关缴纳关税。嘉靖时，“蕃商和藏货物至者，守澳官验实申海道，闻於抚按衙门，始放入澳，候委官封籍，抽其十二，乃听贸易焉”。
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