各地按军事价值的不同建立了军区和地方守备部队，沈飞也不怕出现军阀，明末左良玉这类军阀横行是因为只有他一家独大，周围没有相当的军事力量可以制约他，各地军事力量都差不多，绝大部分都是听话的，就算有几个有小心思的也不敢轻举妄动，一动就会被周围的驻军轻易扑灭。当然军事思想和战力最强的还是以军校和车营为骨干的嫡系，军事能力出色的人都会被吸收深造一段时间，以后各地方军队主官也都必须军校毕业后派遣任命，军人都将以有进入军校和嫡系军队的履历为荣。
这几个秦九韶擅长科目的部门实际上成为了科学院，那还要一个并列的工程院部门，擅长培育毒蛇和五彩雪蜘蛛的欧阳锋毫无疑义地成为部门的首脑，会养蜂的小龙女和周伯通也收入其中，又想到一灯的师弟天竺僧，让一灯写信去把他请了过来，这位是擅长植物类毒物的外国专家，移植研究情花和断肠草的事情就交给他了，还在民间招募了一些擅长各种毒物的奇人异士，不过这些属于生化武器的研究，成果和使用都是严格保密和限制的。
沈飞从建立车营开始就在军队中普及文化知识，在书院普及武功还在这之前，多年下来成果巨大。以此为基础，科举制实行了文武合一，戚继光、俞大猷都是精通儒学典籍了，经常用儒学理论解释军事和武术，这些观点早就在书院里和军队的教育中普及应用。科举制的训练和选拔内容涉及思想文化、武功、军事，这些知识技能是通过的基本要求，能像黄药师、秦九韶那样兼通几项其他技能优先录用。一些武功进行了全社会性普及，为了避免版权纠纷，普及的武功选择了还没有出现的武当派和峨嵋派的中低级武功，包括内功和几门掌法剑法，能被选拔入官方编制后再学习官方掌握的一些高级武功，刘整也专门找了出来，收进军校作为重点培养对象，这家伙毕竟有很强的军事天赋。
短短几年中，社会各方面都已经步入正轨，整个国家呈现出欣欣向荣的高速发展期，一些新的技术成果也逐渐向民间扩散，继承了南宋很多产业都是官营的制度，加上技术优势，财政收入更胜以前，这还是前期需要对大量新地盘进行投资的情况下，过几年投资有了收益会更多。这时出现了一种声音，要求沈飞多纳几个妃子早日生下几个皇子确立“国本”，形成了一股声势不小的舆论，有些新的官员甚至都已经上疏到了沈飞这里。
沈飞没有想到万历时“争国本”的类似事件会发生到自己的身上，皱了皱眉，沈飞娶完颜萍虽然也有想借助原金国系势力的政治目的，但是完颜萍确实是自己非常动心的一个女子，在小说中就是一副楚楚可怜引人爱惜的形象。有人掀起这股舆论提出这样的要求，大概一是想走后宫路线，把各自势力有关系的女人安排到后宫形成新的“外戚”势力，二可能有对完颜萍不满，这个姓氏毕竟代表金国势力，而且只生下了一个女儿，为了不耽误完颜萍武功精进，之后十几年沈飞有意识地没有再和完颜萍生儿育女。这些人就把主意打到了皇子身上，如果不是沈飞和完颜萍已经成婚多年，沈飞不排除他们还想把完颜萍的皇后位置都顶掉。
沈飞非常干脆地否决了这个要求，针对“国本”的问题，直接立了沈芸为皇太女，意思非常明确，以后就由唯一的女儿沈芸继承皇位，让那些人把心思都收起来。这个举动引起了一些震动，不过新政权军政要员本来就有很多女子，沈飞的六大亲传弟子里就有四个是女子，都在最高行政机构内阁任职，位高权重。军队五军都督府里有耶律燕、杨妙真，参谋部里有黄蓉，有这些先例在前，立女儿为皇位继承人也不算非常扎眼，沈飞趁机推动了提高女性社会地位的变革，各行各业都吸收了很多女性加入，当然是重要的是书院和各个政府部门也录用大量女性学习和任职。
沈飞开始准备最后搜集物资回归，最有价值的就是在南宋皇宫里找到了黄裳主编的那套《万寿道藏》，刻印了十几本，亲传弟子和五绝级高手都分享了一套。沈飞收了一本进空间，通读了一遍下来，道家心法再次优化，修炼速度达到了全真内功的六倍。还发觉了一篇阴阳双修功法，出自北宋南五祖之一的紫阳真人张伯端。张伯端流传到现代的《悟真篇》和《周易参同契》本来就号称男女双修法门的鼻祖，沈飞看到《万寿道藏》里搜集的张伯端着作内容更多，看来有部分后来还失传了，其中还有黄裳的注解说明。
沈飞的身体一开始就经过系统洗筋伐髓，即使不练功也能一直保持最佳状态。传授给完颜萍和亲传弟子的内力里就包含融合优化的《王女心经》驻颜功效，加上高深的内力，也有非常强的抗衰老效果。但是如果时间太长，经过几十年，还是会出现缓慢老化，所以沈飞一直想在各个世界捞够了好处就及早回归，让世界时间停止，以免自己的妻子、女儿、弟子一点点老去。不过修炼这一篇阴阳双修功法能提纯内力，排除体内垃圾，不仅能一直保持身体最佳状态，说不定外形还能更年轻几岁。
把更新后的道家心法传给完颜萍后就依法修炼，短期效果只感到内力更加精纯凝实，质量更高，一直修炼下去说不定会变成传说中的灵气，堪称至今为止获得的最高级辅助功法。沈飞的亲传弟子能力都太优秀了，除了杨过和程英这一对同门师兄妹和早就心有所属的甄志丙都很难找到能力相当的伴侣，把这份双修法门给所有亲传弟子待遇的人都传了一份就懒得管了，不过这篇功法至少可以让自己在这个世界上再多留些年。
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