这次为了收拾地彻底，审讯时沈飞亲自出马，一个个用了移魂大法取得了口供和线索，再顺藤摸瓜查到证据，牵扯出了十几个大大小小的官员，经过审理判罪后杀的杀，流放的流放。言官里凡是受贿的全部砍了，对其他跟风的人崇祯也下旨进行了申斥，背后的河运相关利益势力也直接抄家了五户，河运派势力遭遇了毁灭性打击，海运阻力彻底消失。
新版的五万戚家军已经建立训练完成，阎应元已经回到了北京重新主持锦衣卫和京营的工作，白杆兵也已经扩充到了五万，并且增加了许多新的武器和配合使用的战术，并且建立了各地军队之间的交流，互相传播军事技术和经验。
各地军校毕业先进入本地军队，京营士兵到地方军队担任基层军官，一定时间以后可以回京提拔，像戚家军这样的王牌军也可以提拔部分人到京营担任军官。总体上，按最可能面对的敌人不同，各地军队都有训练和擅长的侧重点，比如陆战、水战、山地战，阎应元提议的让天下军人都以进入京营为荣这一点，经过一轮交流完成已经初步成型。
已经策划多时对日本萨摩藩的战事也正式开启，先是由“大使”张溥在琉球掀起了反日运动，组织人手统计出当年日本入侵琉球，劫走国王尚宁等百余人，大肆抢劫一番造成的损失，当时琉球王侍从写的《喜安日记》就记载“有如家家日记，代代文书，七珍万宝，尽失无遗”。
日本强制尚宁签下了臣服萨摩藩文书，扣留了两年多后才放回，只是在琉球各岛派遣家臣担任“在番奉行”，还是有相当的自治权，不过把北部的奄美群岛则直接吞并为萨摩藩领地，设置了大岛代官、喜界岛代官、德之岛代官、冲永良部代官等一系列官员。
经过万历援朝战争以后，明朝和日本关系恶化，收紧了对日本的贸易禁运，只能通过不多的走私，在海盗被郑芝龙吞并以后“经济制裁”更加严重。因此虽然当时日本强行逼迫琉球向日本进贡，不过为了控制琉球当中间人向明朝贸易，还是允许琉球继续向明朝保持属国关系。也确实像《雅骚》里写的当时还有琉球王子在南京国子监读书。那就好办了，安排琉球方向和在南京的代表一起上疏向明朝求援，战争的借口就已经有了。
明朝方面先派使者去日本找到德川幕府，提出要求放回还被押在日本当人质的琉球皇室人员，并且赔偿琉球的损失，德川幕府刚刚经历了“换届”，德川秀忠刚去世不久，德川家光才继任为征夷大将军，又因为万历末年萨摩藩刚进攻琉球时明朝没有插手，对明朝的决心估计不足，还不想管这种破事，就一推二六五，说这是日本地方萨摩藩的所为，与他们无关。
履行外交手续的同时，国内也在宣化司的安排下掀起了舆论风景，各种萨摩藩侵占欺压琉球过程的邸报、评书、戏曲文艺作品在全国开演。又旧事重提，波及到当时侵朝战争和明军万历援朝战争，甚至连倭寇从蒙元到明初时就不断袭扰中国到嘉靖年间的抗倭战争的事情才翻了出来，顺带宣传了一波戚家军。
外交手续和舆论风向已经完成了，民间反日情绪高涨，之后就可以正式开打了，东江军以张继善、毛承禄为先导，统率东江海军三万，直接攻击萨摩藩所在的鹿儿岛大本营。同时东江进行扩军，招募各地民兵和退伍老兵入伍，随时作好增兵准备。三个月之后战争扩大，幕府陆续调集了全国各藩十四万兵力参战。
德川幕府当然不会看到侵占琉球的成果化为乌有，当初萨摩藩攻击琉球本身就是和德川幕府有所勾结，万历年间日本入侵朝鲜时，要求琉球也出钱粮军费支援，琉球拒绝以后就以武功威胁，琉球被迫拿出了日本要求一半的钱粮，当时萨摩藩声称剩下的一半他们可以先“垫付”，但是要算作琉球的“借款”，以后要归还，后来攻击琉球就是因为这件事，以“讨债”为借口的。萨摩藩劫走琉球王室以后也是把他们带到江户（东京）面见德川幕府。
还有一件事，没有“军费”那么直接，但是也与德川幕府有关系，1602年有一艘琉球王室贡船遭遇风暴漂流到日本陆奥地区，被当地居民所救，德川幕府把船只交给了萨摩藩，指示萨摩藩让船只回国，不过要求琉球王国“来聘”，就是专门派遣使者感谢，琉球王国没有理会，这个要求就是德川幕府策划的，当时未必就是武装入侵琉球的计划，估计还是想通过对琉球来使提出强制贸易要求获取利益。
毕竟萨摩藩最初对琉球发难就是以贸易开始，对琉球贸易船只发“朱印状”作为许可证，没有“朱印状”的没收货物扣押船只，要求琉球王室配合。琉球王室没有重视，日本就搜集了多年扣押的没有“朱印状”船只资料送到琉球王国，指责琉球王国“违约”，威胁如果不改正会使双方关系恶化。1575年琉球王国向萨摩藩派出外交官船“纹船”时萨摩藩还当面就“违约”事件发难，还指责“纹船”来得晚，在岛津义久世袭藩主时没有来祝贺，贺礼微薄之类（当时琉球王位更迭，国内事务较多），就已经开始对琉球施加压力了。
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