到了八月底，华记共计迁移两地灾民四十多万。其中大员二十万，主要是在台南一带；吕宋十二万多人，从华记的基地向北、东、南三个方向扩展安置；安南安置了十万多人，沿红海出海口向西，沿海岸线向北将整个煤铁矿区包裹在里面。而新整编的部队也抵达两地，吕宋原来有陈忠部一个山地团，这次又到了一个适应雨林作战的山地旅；安南原来有一个边防团，这次也到了一个适应雨林作战的山地旅，驻守根据地没有太大压力。总署在两地各建一个县，吕宋是孙承宗二子孙钤，安南是袁可立侄子袁赋谌，两人前后于八月中下旬到任，开始分田划村，组建民兵，设立联防，互助开荒，共建村寨，分发粮食、农具、种子、耕牛……，忙的不可开交，眼看到了九月份，抢种一季水稻下去，各方面开始走向正轨。
吕宋岛南北向最长七百五十多公里，东西向最宽二百二十多公里，中部是山脉被雨林覆盖，南部是马尼拉平原，有马尼拉河从马尼拉城穿过，向西流入马尼拉湾，马尼拉湾是天然良港，南北各有半岛伸入南海，入口狭窄，不受风浪影响，马尼拉周边土地肥沃，是极佳的农业种植区。吕宋山区盛产金银，黄金产量很大，历史上万历皇帝派人去吕宋探查黄金矿藏，引起西班牙殖民者的警惕，以为大明要来台据吕宋，导致了第一次马尼拉大屠杀，三万多华人被杀害！
吕宋在大明洪武年间，是大明领士的一部分，太祖朱元璋设吕宋总督一职管理吕宋诸岛的几个小国:吕宋国、渤泥国等国，时间长达二十年，后来总督死在任上，无人继任，才没有继续在朝廷直辖的范围之内，但吕宋几个小国一直是大明藩属国，嘉靖年间西班牙殖民地须着太平洋暖流从美洲墨西哥来到南洋，开始入侵吕宋，占领了马尼拉城，最后杀了吕宋国王一族，吕宋灭国，于万历初年宣布吕宋是西班牙领土，成立了吕宋总督区，总督驻地马尼拉。西班牙的远洋殖民贸易是以美洲殖民地的大量白银运至吕宋，采购南洋香料、大明丝绸、瓷器、茶叶这些奢侈品，绕过非洲好望角，回到西班牙，这些奢侈品对西班牙王室和贵族是必须品，手里有美洲殖民地掠夺的大量财富，这些奢侈品消费构成了西班牙大三角贸易的最后一环，因此马尼拉对西班牙来说不可或缺。但是马尼拉总督对大明的贸易显然不满意，没有葡萄牙那样的澳门港，丝绸、瓷器、茶叶等采购量大为受限，价格翻了几倍，还要看李旦、颜思齐这些海盗的脸色，马尼拉总督也在积极图谋大员岛，本来今年应该台据大员北部淡水河出海口，也就是华记台北县一带，可是那里炮台林立，战舰比自己的还多还大，马尼拉总督很郁闷。华记在马尼拉北部四百多公里的北部占据了一块小平原，还在不停地移民。
马尼拉总督一直对北部并不看重，那里平原太少，山区雨林密布，蚊虫猛兽繁多，生命危险随时存在，还有不开化的食人番，让这些华记商行喂蚊子去吧！
可是今年在大员碰了一鼻子灰之后，马尼拉总督想到华记在吕宋北部的据点就很不开心。虽然说我在马尼拉种烟草、甘蔗、香料应有尽有，可是我还要和大明贸易，你华记可以在我吕宋占据一个港口（实际上是几个），为什么我不能在大员占据一个？得找他们谈谈了。
天启五年九月十六日，马尼拉总督的使者抵达台北，要求见华记的大员总督，他们以为所有人都像他们一样在殖民。
大员民政分署长洪承畴、野战三旅长孔有德一起接见了马尼拉总督的使者和南洋华人同译。
洪承畴问:使者阁下，来到大员有什么使命吗？
使者:尊敬的大员总督阁下，我奉马尼拉总督阁下的授权，来大员与贵方就贸易问题进行商谈，希望能合作共赢！
洪承畴:噢？合作！怎么个合作法？
使者拿出一个拟定的协议出来:这是我方的提议和条件，请总督阁下过目！
一边的通译过来要帮助翻译，洪承畴一挥手:不用了！我方有自己的统译。请使者先回船上等候，我方需要讨论商谈一下利弊。
使者回到船上去等待，一等就是五天！急得乱转。
洪承畴让通译把这份协议整理出来，就是二个意思，一是华记在大员给西班牙人一个港口做贸易，西班牙马尼拉总督承认华记在占宋北部的实际占领；二是华记给西班牙最惠国待遇，对大明、倭国贸易取最低税率，马尼拉也同样给予华记在马尼拉同样待遇。
洪承畴将协议发往旅顺，毕自严、袁可立、孙承宗、沈有容、宁完我等商讨了两天，拟定了最终协议发给了洪承畴。
协议内容为:
一、马尼拉总督不能代表西班牙政府，设立马尼拉总督区是西班牙对大明的侵略和冒犯！因此华记在吕宋做任何事情都是合理合法的，华记对西班牙在吕宋的占领不予承认，华记在吕宋的开拓不需要马尼拉总督的承认！
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