光绪二十七年（1901年）八月二十四日，慈禧自西安行宫启程，取道河南、直隶回京，在开封度过了她的六十七岁生日。十一月二十八日（1902年1月7日），慈禧回到北京，结束了她一年零五个月的流亡生活。
七、风雨飘摇
庚子事件对慈禧的打击极大，她曾对侍臣表示：“吾不意乃为帝笑！”为了挽回颜面，讨好帝国主义，欺骗民众，并抵制革命，慈禧在西逃途中就开始以光绪帝的名义下诏罪己，并求直言。到达西安后，慈禧又下诏变法，试图通过改革来稳固统治。
光绪二十八年（1902年）三月，清廷谕令设立督办政务处，作为筹办“新政”的机关，任命奕匡、李鸿章、昆冈、荣禄、王文韶、鹿传霖为督办政务大臣，刘坤一、张之洞遥为参与。根据刘坤一、张之洞等人的建议，清廷陆续实行了一些新政措施，如废科举、兴学校、派遣留学生、鼓励农工商业、编练新军、调整一些政府机构等。然而，这些改革并没有超出戊戌变法的范围，且在资产阶级领导的革命运动迅速发展的背景下，局部的缓慢改良已不足以解决问题。慈禧也不得不承认，尽管“朝廷屡下明诏，力图变法，锐意振兴”，但“数年以来，规模虽具，而实效未彰”。
面对日益高涨的革命运动，统治阶级中的一些有识之士建议慈禧对封建政体进行改革，仿效英、德、日本等国实行立宪政体，以保全“宗社”。这些呼吁来自汉族官僚如孙宝琦、岑春煊、张之洞等，也有慈禧所信赖的满人官僚如端方等。经过反复斟酌，慈禧认为与其被动接受革命，不如主动接受立宪。特别是在日俄战争中日本大获全胜，而日本所奉行的正是立宪政体，这更加促使慈禧倾向于立宪。
光绪三十一年（1905年）六月，慈禧选派载泽、戴鸿慈、徐世昌、端方、绍英等五大臣分赴东西洋各国考察政治。次年五月，载泽等先后回国，奏请宣布立宪。载泽在密折中提到立宪有三大好处：一是皇位永固，二是外患渐轻，三是内乱可弭。经过激烈的争论，慈禧于七月十三日发布了“仿行宪政”的上谕。然而，立宪的原则是“大权统于朝廷，庶政公诸舆论”，实际上是借立宪之名行专制之实，并以“目前规制未备，民智未开”为借口，未宣布实行立宪的时间。为了拉拢立宪派，共同对付革命党人，慈禧于光绪三十四年八月一日（1908年8月27日）颁布《钦定宪法大纲》，并宣布预备立宪以九年为期。
自辛丑回銮后，清廷面临着严重的内外挑战。一方面，面对京津及东北地区列强迫在眉睫的威胁，清廷重用和扶植手握重兵、精明强干、善于外交的袁世凯，加强北洋的军备和实力，以拱卫京畿。另一方面，对内则必须尽快重树权威，扭转因庚子西狩、东南互保而加剧的“外重内轻，令出不行”的状况，有必要对东南互保的抗旨势力有所裁抑。为了加速练兵和推行新政，也必须加强对南洋财赋之区的控制。清廷为贯彻这一政策，开始扶植慈禧、荣禄倚信的袁世凯，加强对江南的控制。袁世凯借此强势南下，干涉南洋地区的人事，控制南洋的财赋和军备，将北洋势力和北洋模式向南洋扩张。南洋的湘系势力试图反抗，却遭受重挫，南北派系的平衡被打破，矛盾愈发尖锐。
在朝堂上，以湘人军机大臣瞿鸿禨为首的清流派与以袁世凯为首的北洋派之间展开了激烈政斗。最终，袁世凯联合其后台奕匡取胜。慈禧贬斥瞿鸿禨、岑春煊等清流派官僚，看似是在支持北洋派，实际上是为了大力扶植满洲亲贵势力以牵制北洋派，这也导致了宣统年间亲贵集权的局面。
清廷宣布立宪，但只是一纸空文，难以平息日益猛烈的立宪风潮。此时，清朝的统治已处于风雨飘摇之中，慈禧“万几待理，心力俱殚”。光绪三十四年（1908年）夏天，慈禧身体不适，到九月出现了腹泻症状。十月十日，她在西苑度过了她的七十四岁生日。由于举行庆典，活动过多，其病情继续恶化。十四日，出现头痛目倦、烦躁不安、口渴舌干、咳嗽等症状。次日，又出现周身疼痛、面目浮肿的症状。
八、尽享哀荣
光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日），光绪帝在瀛台涵元殿驾崩，享年仅三十八岁。关于光绪帝之死的具体原因，历史上存在多种说法，但无论真相如何，光绪帝的去世给清朝统治带来了巨大冲击。
在光绪帝去世的消息传出后，军机大臣、内务府大臣等急忙来到福昌殿见慈禧。由于光绪帝无嗣，慈禧根据此前的决定，将醇亲王载沣之子、年仅三岁的溥仪立为皇位继承人，年号宣统，继承同治帝、兼祧光绪帝。慈禧被尊为太皇太后，仿照顺治朝的故事，授载沣为摄政王，负责处理一切军国政事，但所有事务都需要秉承慈禧的“训示”来裁度施行。
此时，慈禧自知生命垂危，便告诉诸臣：“大行皇帝大事办妥，……速为予料理后事。”次日，即光绪三十四年十月二十二日（1908年11月15日）下午2时左右，慈禧在中南海仪鸾殿病逝，享年七十四岁。慈禧临终时留下了遗言：“此后，女人不可预闻国政。此与本朝家法相违，必须严加限制。尤须严防，不得令太监擅权。明末之事，可为殷鉴！”这番话体现了慈禧对清朝未来政治走向的担忧，以及她对自己长期执政的反思。
慈禧的丧礼按照清朝历代皇帝的规格举行，极为隆重。宣统元年（1909年）正月二十二日，清廷为慈禧定谥号为“孝钦慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙配天兴圣显皇后”，这是清代帝后谥号中最长的一个，简称“孝钦显皇后”。其中主谥“钦”，满文作“kobton”，谥法中称“威德悉备曰钦”，意指慈禧生前的威严和德行得到了广泛的认可。
同年十月初四，慈禧被葬于河北省遵化市菩陀峪定东陵。这座陵寝位于清东陵区域内，与乾隆帝的裕陵、咸丰帝的定陵、同治帝的惠陵相邻，显示了慈禧在清朝历史上的重要地位。
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