隆武帝听到这个消息后欣喜若狂，立刻对何腾蛟委以重任，任命他为东阁大学士，并兼任兵部尚书一职。同时，还赐予他定兴伯的封号，并让他继续统领军队。然而，尽管隆武帝如此信任和重视，但朝中大臣们对于李自成是否真的死亡仍心存疑虑。毕竟，这关系到国家的安危和局势的稳定。面对这种情况，何腾蛟并没有因为自己的功绩而骄傲自满。相反，他反复向众人解释说，李自成确实已经死亡，而且尸体也开始腐烂。
尽管如此，朝中一些人仍然对此持怀疑态度。他们认为，李自成可能会利用替身来迷惑敌人，从而达到自己的目的。但是这个时候，南明的主要敌人已经是清军了，别说李自成真死了，就算没死，也顾不上这些了。
面对隆武帝的封赏，何腾蛟表现出了谦逊和低调的态度。他深知自己虽然取得了胜利，但功劳并不完全属于个人，而是全体将士共同努力的结果。因此，当隆武帝想要给他加官进爵时，他坚决推辞，表示自己不能居功自傲。隆武帝得知此事后，十分感动，认为何腾蛟不仅有勇有谋，而且品德高尚。于是，他再次下旨，要求何腾蛟接受封赏。最后，在隆武帝的坚持下，何腾蛟终于接受了官职和爵位。但他依然保持着谦虚的态度，认为自己还有很多不足之处需要改进。
在顺治三年（公元 1646 年）的时候，永历帝正式登基称帝，而何腾蛟也因此被封为武英殿大学士，并获赐太子太保的头衔。尽管何腾蛟是一位忠心耿耿的臣子，但他与史可法面临着同样的困境——麾下缺乏可靠的将领与军队。
时间来到顺治四年（公元 1647 年）春季，何的手下王进才声称军中粮草匮乏，开始在当地四处抢掠，甚至将魔爪伸向了湘阴地区。恰巧此时清兵抵达长沙，王进才惊慌失措地逃往湖北。
面对如此局势，何腾蛟无力防守，只能孤身一人逃向衡州，最终导致长沙和湘阴同时沦陷敌手。
同年六月，何腾蛟前往拜见永历帝，永历帝和太后都亲自接见了他。
同年八月，清军攻克武冈。永历帝闻风丧胆，匆忙逃离，先是逃往靖州，随后辗转至柳州。彼时，常德和宝庆已落入敌手，永州亦再度沦陷。永历帝心生退意，欲退回桂林。然而，此时的桂林城中，仅有焦琏所率之寥寥兵力。何腾蛟则率赵印选与胡一青两部前来驰援。
与此同时，南安侯郝永忠（原大顺军将领郝摇旗）竟也领着万余兵马不期而至，且来意不善，意图对焦琏的军队动武。幸运的是，宜章伯卢鼎的军队恰巧赶到，何腾蛟赶忙从中斡旋，这才让双方放下敌意，使得桂林局势得以稳定。接着，何腾蛟下令，命焦琏、郝永忠、卢鼎、赵印选、胡一青各自镇守兴安、灵川、永宁、义宁等州县，自己则带领五将共同御敌。
顺治五年（公元 1648 年）正月，永历帝居住在桂林，加封腾蛟为太师，并晋升爵位为侯，子孙可以世袭。二月，清兵攻破了全州，进而抵达兴安。郝永忠率领的军队战败溃散，他自己则逃往桂林，永历帝无奈之下只得向西逃窜，并且放纵士兵肆意抢掠。此时，何腾蛟急忙从永福赶来。清军得知桂林发生变故，直接抵达北城门。何腾蛟于是率领焦琏、胡一青等将领分别据守三个城门，抵御敌军，清军这才退回全州。恰好这时金声桓和王得仁背叛了清朝，率军前来归附明朝。
在湖南的清军暂时撤退，何腾蛟趁机攻占了全州。之后，他又派遣保昌侯曹志建、宜章侯卢鼎、新兴侯焦琏、新宁侯赵印选攻打永州，经过三个月的围攻，双方进行了大大小小三十六次战斗，最终于十一月初一攻克了永州。没过多久，监军御史余鲲起、职方主事李甲春攻占了宝庆，其他将领也相继攻占了衡州，马进忠则夺取了常德，之前失去的湖南领土大多得以收复。
顺治六年（1649 年）正月，何腾蛟从益阳出兵攻打长沙，并与其他将领约定好时间前往会合。之后，何腾蛟又亲自前往由大顺军改编而来的忠贞营，邀请李赤心入驻衡州。然而，何腾蛟手下只有六千名士兵，由于担心被忠贞营合力攻击，这些士兵都不敢护送他前行。于是，何腾蛟只带了三十名属吏和士兵一同出发。当他们快要到达目的地时，却听闻李赤心率兵向东进发，便紧跟着他来到了湘潭。
湘潭此时已然成为一座空城，李赤心没有留下任何防守的兵力便匆匆离去，这也使得何腾蛟得以顺利进驻城中。然而，清兵很快得知了何腾蛟已经进入这座空城的消息，他们迅速派遣将领徐勇带领军队进城。
值得一提的是，徐勇曾经是何腾蛟手下的一员将领。当徐勇进城之后，他竟然亲自率领自己的士兵将何腾蛟团团围住，并向他行礼，试图劝说他投降。但何腾蛟毫不畏惧，破口大骂，坚决拒绝投降。面对何腾蛟的强硬态度，徐勇无奈之下只得将他劫持带走。何腾蛟被囚禁期间，毅然选择绝食抗议，整整坚持了七天。最终，清兵无法再忍受他的反抗，杀害了何腾蛟。
远在他乡的永历帝得知何腾蛟牺牲的噩耗后，悲痛万分，多次举行隆重的祭奠仪式，追赠何腾蛟为中湘王，谥号文烈。此外，永历帝还特意任命何腾蛟的儿子何文瑞担任佥都御史一职。
而随着何腾蛟的离世，实际上永历帝手中的力量已经所剩无几，他不得不继续踏上漫长的逃亡之路，前途充满了未知与艰难险阻。】
“何腾蛟是一个善于调合各方势力的封疆之才，但不是一个合适的大将，可惜他的手下大多忠诚度不可靠，这才害了他。”李善长感慨地说道。
他自问，如果将自己置身于何腾蛟的处境之中，以何腾蛟所拥有的条件，他也无能为力挽救南明。同时，他暗自庆幸自己选择了跟随朱元璋，陈友谅和张士诚手下并不缺乏有才能的人，但最终能够封公拜相的却是他李善长。这并非仅仅因为他个人的能力，更是因为他做出了正确的选择，跟对了朱元璋这位英明的君主。
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