这次突如其来的海上风暴，恰似一头凶猛狂暴的洪水猛兽，以雷霆万钧之势，严重打乱了崇祯的全盘规划。
彼时，他们在浩渺无垠、浪涛翻涌的茫茫大海之上，艰难地探寻着前往南京的航线。然而，就在这段充满艰辛的历程中，南京的局势已然发生了翻天覆地的根本性变化。
按照明朝的既定制度，南京兵部尚书在留都的百官之中位居首位。时任兵部尚书的史可法，自然而然地成为了此时南京地位最高的官员。
在史书上，史可法的形象是光辉高大的民族英雄，而且他的为人也是公正廉洁，正直刚烈，可是作为一名朝廷重臣，他却是缺乏政治智慧，其最致命的弱点是缺乏雄才大略，总想处处应付，八方妥帖，最后落得个事与愿违。
尤其是在应对北京城被攻破、崇祯皇帝下落不明这一重大事件之时，史可法接二连三地出现重大失策，为南明朝廷最后的覆灭种下了隐患。
三月二十九日，也就是北京失守十天之后，这一令人震惊的消息如同一阵狂暴的旋风般迅速传到了淮安。
南京留都的众多官员在得知此消息后，由于崇祯皇帝以及他的三个儿子均下落不明，他们个个心惊胆战，不敢轻易采取行动，陷入了一片惶惶不安之中，完全不知该如何是好。
但是紧接着，京城之中又传出了崇祯皇帝成功脱困的消息。
一位从京城仓皇逃至南京的官员声称，当今天子已经成功逃出京城，在天津巡抚冯元飏和提督关辽通津淮海江镇水师便宜行事的水师总兵黄蜚的全力护送之下，正朝着南京赶来。
而这个消息的来源非常确切，乃是跟随崇祯皇帝逃走的金铉的家仆和李若琏的亲卫。
崇祯帝在出海之前，让他们将这个消息传回京城，一是给家人报个平安，二是让他们暗中联络那些朝廷忠心耿耿的大臣，让他们想办法逃往南京。
崇祯做这件事情的目的，就是要将自己未死的消息传到南京，这样不管他们是不是能及时赶到南京，在得到这个消息之后，留都的官员们就不会着急推新帝登基，给自己留下足够的时间。
只可惜天不遂人愿，事情依然沿着历史的轨迹向前发展......
四月初七，兵部尚书史可法在得知崇祯皇帝已经乘船赶往南京的消息之后，毫不犹豫地亲自率领士兵沿海路北上迎接。
可是，他们还没走多远，就接到了一个令人震惊的消息......
船队在海上遭遇了极其猛烈的风暴，整个船队都葬身在风暴之中，崇祯皇帝不幸遇难。
很快，这个消息的真实性就被确认！
当地的渔民在海上发现了几名幸存者，他们是随崇祯皇帝出海的水手，在遭遇风暴之时，他们的船被风浪击毁落水，随后在海上漂流了数日之久。
在机缘巧合之下，他们被海浪冲到了一个偏僻的小岛之上，当他们被人救下来的时候，已经是奄奄一息，生命垂危。
史可法亲自接见了这几名水手，经过仔细询问和确认，最终确定了这个消息的准确性。
崇祯皇帝既已身亡，他的三个儿子又下落不明。至此，大明北京朝廷可以说是全部覆亡。而作为留都的南京，自然而然地就成为了剩下的这半壁江山的政治中心。
到了这个时候，立君之事便成为了当务之急。既然崇祯的三个儿子都没有成功逃出，那藩王们便成为了皇位的最有力争夺者。而在众多藩王之中，福王朱由崧、潞王朱常淓、桂王朱常瀛各有支持者。
可就在这个关键的时刻，史可法又犯下了左右摇摆，优柔寡断的错误，就在他设想出这种方案拥立桂王朱常瀛的时候，马士英却已经果断决定联合高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王朱由崧，并且亲自带兵护送福王直抵浦口，至此史可法别无选择，只能接受这个事实。
崇祯十七年四月二十九日，福王朱由崧在史可法的陪同之下，由浦口乘舟抵达南京城外的燕子矶。南京的官绅们纷纷前往朝见。
五月初一日，朱由崧登上岸边，首先拜谒孝陵，然后从朝阳门进城，驻于内守备府。初三日，朱由崧在南京就任监国之位，用黄金铸造监国宝，向天下颁布谕旨。
就任监国之后，朱由崧依照廷臣的会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事。
史可法虽然进入内阁，但是他由于之前在定策问题上的犹豫不决，导致朱由崧不得不向武将求助，而高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清这些以败军之将的身份，却坐收定策之功。这一局面导致军阀操纵朝廷的情况已然形成，这也是历史上南明弘光朝廷很快覆灭的最根本原因。
可接下来，史可法为了挽救自己在之前决策上的失策，却是又出了一个昏招。
五月八日，史可法呈上“敬陈第一紧急枢务事”启本：“从来守江南者，必于江北。即便是六朝之时国力微弱，尚且在徐、泗、颍、寿之间争雄，由此可见，不宜画江而守是非常明显的。但是此时贼寇的锋芒正锐，我军的士气萎靡。兵力分散则力量单薄，顾全远方就会遗漏近处。不得不选择可以坚守的地方，立定根基，然后振奋士气向前推进，再图谋进取。臣认为应当斟酌地利，紧急设立四藩。四藩分别为：其一为淮、徐；其二为扬、滁；其三为凤、泗；其四为庐、六。以淮、扬、泗、庐作为自守之地，而以徐、滁、凤、六作为进取的基础。凡是各属地的兵马钱粮，都听任他们自行征取。如果收复一城、夺取一邑，就属于其分界之内……而四藩就任用靖南伯黄得功、总镇高杰、刘泽清、刘良佐，以优厚的礼数对待他们，让他们成为我们的藩屏。听从督臣（指马士英）的考察斟酌，确定他们应当驻守的地方，相机固守。江北的兵威既然已经振奋，那么江南的人心自然就会安定。黄得功已经封伯，似乎应当进侯爵；高杰、刘泽清、刘良佐似乎应当封伯爵。左良玉如果恢复楚疆，应当按照黄得功的标准进侯爵。马士英集合各镇的功劳，爵赏似乎难以有所不同。卢九德情况相同，听任司礼监监察叙述。”
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