前期从江南各个战场赶回到苏南的十二支新军主力接到王财北伐动员令之后纷纷开始按照总参谋部的密令进入各个战役出发地，加紧准备北伐所需的各种物资、弹药，辎务司从各地征调防军保护补给随军北上，整个江南都开始行动了起来，一时间战云密布，杀伐之气顿起。
根据计划，新一军高建国部，新二军倪守道部，新三军贾充部组成一兵团，由倪守道任兵团长，出庐州攻入河南后，打击驻防郑州的僧格林沁；九江的李秀成部、皖中的韦志俊部和从江西返回的杨辅清部组成二兵团，由李秀成任兵团长，从六安北上，直取蒙城，打击在皖清军；新四军潘启亮部，新五军冯天部，新六军戴伏波部组成三兵团，由潘启亮任兵团长，出徐州击败山东巡抚李惠后直扑济南，而做为奇兵的新十一军武智久部和新十二军王仁甫部待清军主力被吸引到河南、山东的时候，在上海登船沿海路攻取秦皇岛，并拿下山海关，太平水师将为他们提供支援；整个战役的预备队由新七军陈平安部，新八军郑伯伦部，新十军史大柱部担任；江阴水师及皖南防军控制九江，严防湘军异动；新九军焦富部驻防天京，保卫天朝都城安全。吸取了太平水师泄密事件的教训，担任攻击山海关的奇兵部队除了王财和总参谋部的少数几个人知道他们的真正用处之外，对外一律宣称是北伐战役的预备队，以此来掩人耳目，确保突袭计划的顺利。
之所以把李秀成、韦志俊、杨辅清的部队调到安徽战场，王财是有私心的，因为从情报上来看，无疑清军在安徽的实力最强，借清军之手削弱这些天朝旧臣的兵力，在他看来真正是一食二鸟的好计策，虽然李秀成烧了洪秀全的密诏，但留着这些人在，他到底还是不放心。
与此同时，太平天国全境进入战时状态，实行连坐法，一人犯法，全家问斩，一户犯法，十户问罪，十万二线新军分布各地坐镇，严厉镇压任何敢于滋生事端和对抗官府的行为，安庆、苏州兵工厂日夜开工，加班生产军火，保证前线需要。同时为了确保曾国藩不至于铤而走险，王财密信已经打到贵州的翼王石达开阵兵贵、湘边界，监视湘军，逼曾国藩安心的待在两湖。
同时为了配合这次大规模的北伐，从人心士气上打击正面清军，加快战役进程，减少部队损失，舆宣司的几个老先生还写了一篇檄文（檄文不计入正文字数，赠送）：“昔我黄帝，始建中华，尧舜禹汤，孔孟圣教，则文化彬彬，独步宇内，煌煌史册，逾五千年，宽仁博大，久着民德。奈胡元猾夏，窃号神州，华服变满装，汉音改胡腔，豪杰具留猪尾，英雄始乱纲常，又迭兴文狱，灭尽汉章，动诬谋逆，夷绝九族，国士引劲，精英具丧，腥风播四海，淫毒秽宸极，又纵贪官污吏，骄吸民膏，可怜子女，哭泣道旁，官以贿得，刑以钱免，豪杰绝望，英俊抑郁。长蛇封豕，搏噬无遗。遂使神明胄子，降为舆台；锦绣江山，沦于左衽，肆其穷凶，窃据我都邑，乌乎痛哉！今天朝中兴东南，辅王义千岁，奋发有为，重整河山，驱除胡虏，恢复中华，五族和谐，共享太平，立纲陈纪，救济斯民，古人有言，炎炎之火，可焚昆冈。是以夏后一成，能复故国，楚人三户，足以亡秦；况以中国之大，人民之众，爰举义旗，为天下倡。群贤霞蔚，多士云兴；一鼓功成，克有全土。此则我华厦先圣在天之灵实式以凭，而中兴之运可操左券也。唯是新邦初建，庶事待兴，引企英豪，同襄治理。然后奖帅三军，会师北伐，饮马长城；捣彼虏庭，歼其丑类。望天下耆艾、河朔健儿，岭表孤忠，中原旧曲，应此檄文，各整义师，振臂执锐，共讨胡贼，上顺天时，下安黎庶，以匡诸夏。若甘心事敌，以抗天兵，执迷不悟者，罪在不赦。凡从天道，顺吾天朝，倒戈从义者，既往不咎，得享富贵。夫非常之原，黎民所惧，救国之志，人有同心。敢布区区，咸知大义。二三君子，尚克图之。”檄文所到之处，百姓群起响应，江北各地义旗遍举，还没有等北伐开始，江北就乱了套，连北京城都被造反的义军攻打了两回，只可惜都是些乌合之众，很快就被镇压了。
战役之前的所有准备工作都已经就续了，可是在一个问题上王财与内阁、总参发生了严重的分歧。自从控制苏南之后王财就始终坐镇中枢，再也没有带过兵了，他心里清楚，自己根本不是一个将才，但是每每看到手下上报的军报，谁谁在哪里击败了谁，歼灭清妖多少多少人，心中总是有种热血沸腾的感觉，曾听人说过男人天生就是要打仗的，这次大规模的对江北用兵，王财当然想赶上趟，可是当他宣布准备亲自率领一路精兵北上伐胡的时候，不仅仅他的两位夫人同声反对，连内阁、总参也是一片反对。
“殿下身为天朝辅政大臣，肩负朝政重责，此刻天下震动之时，殿下更应当坐镇中枢，指挥四方，如此方可安定天下人心，兵凶战危，殿下亲征江北，万一要是有了闪失，这可怎么办？”郑国和王闿运离开天京之后，内阁中以徐寿为首，此时自然是要力谏的。
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