阮元听了，也是又惊又喜，清代科举，最上一层的殿试是皇帝本人出题并亲自监考，群臣不得干预。但在下一层，便是会试，自己会试得中，到这时尚不满十整年，就得到了主持会试的机会，虽然只是副主考，但也已经是无比难得的重任。一时间也有些担心，忙推辞道：“皇上，臣释褐不过十年，自觉才疏学浅，这会试主考，却是有些难以胜任的。”
嘉庆却道：“阮侍郎，你着书兴学，考校两省士子，一向俱有声名，这会试的副主考，却如何就做不得了？若论学问，朕看着你做副主考，是最合适不过了。而且你也不要担心，这次会试，朕任命的主考，是你的恩师，户部尚书朱珪，另一位副主考则是左都御史刘权之，他二人资历深厚，多有督学、出题经验，你若是不会，和他二人多学习一番，也就是了。朕这样说，你还想推辞吗？”
听着嘉庆这样鼓励，又知道正主考乃是恩师朱珪，阮元自然也不敢再行推辞了。只得应道：“皇上圣明，臣定当尽心竭力，悉心选士，此次会试，定要拔擢那些有真才实学之人出来，以报皇上任用之恩。”
不料嘉庆随后却话锋一转，笑道：“阮侍郎，若是旁人，朕也不愿多言，可你说尽心竭力，你在南书房这几个月，朕也都看着呢。哪一日不是申正之后，才得以退值啊？你这样确是辛苦，所以朕也想知道，你家中之人，有何言语？尊夫人我记得不过桃李之年，便要看着你这般公务繁忙，只怕也不愿意吧？”
阮元听着，也不禁面上渐红，其实嘉庆所言不假，他平日入朝早，退值晚，前后已有近两月，孔璐华在家中有了空闲，也不禁抱怨入京以来，竟也得不到几日团聚。其实阮元先前做学政习惯了，内心之中，也颇不情愿如此长时间的入宫当值。可是他一直念着乾隆知遇之恩，便当竭力以报，又怎敢主动向嘉庆请辞？这时也只得答道：“皇上，臣尺寸之功未建，便得以登临二品之位，若不能尽心公事，也只怕高宗皇帝在天之灵，降怒于臣。”
“但你和别人不一样啊？”嘉庆笑道：“你家中的事，朕听说过，你祖父的亲传孙辈，就只有你一人了。你先前也没有孩子，只有一个养子，你家中人丁如此单薄，日后还如何延续香火啊？再说了，朕也知道你尚有两个妾室，难道你把她们放在家里，就只是想养她们一辈子吗？你这样不顾家中事务，反倒是朕看着有些过意不去了啊？正好，眼下距离会试开始，尚有五日，四书题朕拟了，五经题和策论，还需要你们多斟酌一番。你这番回家，依例不得与外人有半分交集，便不要出门了，一边多想想如何拟定题目，一边也陪陪家里人吧。待今番会试结束了，南书房这里，朕也已经对内外要务，了解得足够清楚了。你就去部里办事，不需要再这般劳碌了。”
可是说到这里，嘉庆似乎又想到了另一件事。
“阮侍郎，朕还有一事想要问你，虽然这样，你可能还是要操心些要事，但也绝不会这般劳累。而且，这对你而言，是个好机会啊。”嘉庆颇有些神秘的说道：“朕不想破了皇阿玛的旧制，所以南书房政务交接完毕以后，朕还是要在军机处议决要事，主持机要的，依然是五个军机大臣。所以朕想着，你既然也已经是二品侍郎了，而且南书房这几个月，朕能看出来，无论大礼之事，还是兵部选任之事，你都有自己的办法，所以若是朕提拔你入军机处，你意下如何呢？军机处有章京轮值，你退值不会这样晚的。”
“皇上，这……臣一介文臣，先前从未参预机要，却如何在军机处与各位大人商议要事啊？”阮元听着也有些担心。
“你这话说的就不对了，朕想着眼下的军机处里，戴衢亨便是翰林文臣出身，可他一样做得军机大臣啊？再说了，朕想着他与你还有些交情，他兄长戴心亨在世之时，是你乡试的座师啊。还有，当年编修《石渠宝笈》的时候，董诰也曾与你共事，他对你印象也不错呢。成亲王、那彦成，这都和你有交情啊？有他四人和你齐心协力，你入了军机处，正是事半功倍啊。也就是庆桂与你，平日交往少了些，那也无妨，庆桂已任了大学士，还是要居中持重的，你也不必担心。怎么样，你可有此意愿？”嘉庆劝道。
不想阮元却继续坚辞道：“回皇上，臣以为，这军机处行走，臣眼下做不得。不仅如此，臣在南书房兼理军务之事，臣出了南书房，也决计不会外泄半分。”
“阮侍郎这……这又是何意呢？”嘉庆颇有些不解。
“回皇上，正月间，和珅乱政于前，皇上亲政于后，军机要事，不关白于军机大臣而直达皇上，是皇上为了及时掌握大权，以便日后主动任用军机处，不致反过来被军机处挟制。是以皇上重用南书房，任用朱大人与臣等襄理军政。但军机处毕竟是世宗皇帝以来国朝根本，不可偏废，是以南书房不过做一时权宜之计，皇上所用，亦不过近习之人。如此，国朝方得安定，体制方可无亏。但如果皇上任用臣入军机处，则体制与权宜之间，界限何在？臣若以近臣之名，居要臣之位，日后皇上用人，又当依何规矩？其余臣下，又当如何作想？难道在皇上面前做南书房的近臣，日子长了，被皇上信任了，就可以进入军机处了？若真是有那一日，军机处的威信，只怕也就要荡然无存了，而朝廷的体制，也就只得让那些投机取巧之辈，肆意利用而无法限制了。到那个时候，皇上是中兴了大清呢，还是让大清又走上了另一条不归路呢？臣今日不入军机处，也是为皇上保全了体制严明，日后国朝决事，自有仪度，却不得让机巧之辈，心存侥幸才是。如此，则大清幸甚，皇上幸甚！”阮元一边说着，一边再次向嘉庆叩首，以示自己至诚之言，并无私念。
而嘉庆听着阮元之言，却也暗自心惊。原来，这些问题，也正是前日夜间，他与纽祜禄氏商议之事。
“眼下朕要做的，就是先将大权收归朕之手。待得一切有条不紊了，再把权力下放到军机处。至于南书房，一切重归正途之后，也就该回到它原来的样子了。”这是嘉庆的计划。
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