德黑兰会议结束之后，东方霸为了尽快结束菲律宾的战事，以便让军队休整一段时间，开始通过陈铁柱命令盟军加大进攻力度，还在婆罗洲休整的中国远征军六万人以及华泰军两个师五万余人在海军舰队的护航下进攻马尼拉湾，控制了出海口处的科雷希多岛，日军一些巡逻舰艇被堵在马尼拉湾被华泰国海军舰队一一打沉。
12月2日，盟军正式登陆马尼拉，为了加强攻击力度，华泰军这次动用了很多大规模杀伤性武器，云爆、凝固汽油都被大量使用，为了攻击远距离目标，华泰军还使用导，日军在马尼拉和甲米地的空军基地被华泰国导摧毁，日军两百多架战机停靠在机场上一幸免。
当天，马尼拉几乎被炸成了一片废墟，日军第十四方面军司令官黑田重德带领卫队仓惶出逃北去，日军再也法抵挡盟军强大攻势，抵抗很快土崩瓦解，一天后，盟军全面占领马尼拉。
盟军一分为三，一部分镇守马尼拉，另一部南下，第三部北上追击北逃日军，此时，马尼拉以南地区所有菲律宾岛屿上的日军后路全部被截断，再也得不到补给和增援。而黑田重德则带着卫队跑到了林加延湾南部的达古潘，准备收缩兵力在吕宋岛北部地区布置防线。
盟军北部追兵缓慢向北进，而南部的盟军开始逐一消灭各个岛屿上的日本守军，日军没有了后勤补给。战斗力直线下降，加上后路被截断的强大心理压力。很多日军在战斗还没有打响之前就举白旗投降了。
当然这只是一小部分，绝大多数日军都是死硬顽抗分子，很多日军在指挥官的带领下守在战壕和据点里死战不退，直到最后一颗子打完了还端着刺刀冲锋。
日军兵力有限，并不是在所有的岛屿上都部署了兵力，只在关键的战略位置部署了重兵，这就造成了日军人数大多集中在一起，人数一多。所需要的药和粮食也多，消耗也非常严重，自从盟军在马尼拉登陆之后，切断了南北日军的联系，南面的日军基本上就得不到补给了，很多日军部队开始断粮，有些日军没吃的就抢当地菲律宾人的粮食。不但抢粮还杀人放火，这不仅让当地的菲律宾人非常愤怒，也让当地的傀儡政府起了异心。
当有些日军堡垒和阵地被攻破的时候，盟军士兵发现里面的日军很多都饿得没有了战斗的力气，甚至还有一些地方发生了日军吃尸体的情况，可见日军断绝补给之后缺粮食缺到了何种程度。
这也是日军自己害了自己。如果不是日军在这里征调了大量的当地菲律宾壮丁修建防御工事，屠杀了太多人，造成当地土地没有人种植而收获不到粮食，他们也不至于变成现在这副模样。[
与此同时，在棉兰老岛的盟军一开始渡海进攻北面的内格罗斯岛、、保和岛和宿雾岛。在孙立人的率领下，新一军渡过海峡进攻内格罗斯岛。戴安澜的新六军一个师进攻保和岛，各自有一个华泰军团级规模的部队跟随一起进攻。
内格罗斯岛是菲律宾的一个大岛，岛上人口众多，城市多分布在靠海的沿海地带，中部地区基本上都是高山密林，这非常不利于进攻，孙立人的新一军刚开始遭了顽强的抵抗，损失了一些兵力，不过日军也损失不小，关键是日军得到不到药补给，在炮打光之后，大炮就成了一堆废铁，日军只能靠步枪抵挡，这如何能抵挡盟军的飞机大炮，而且还有海军舰炮的炮击？
眼看着日军的形势每况愈下，当地的一些菲律宾人就秘密聚集在一起准备起义，可很快让日军的情报部门发现，日军当即进行了残酷的镇压，那些人缺乏武器药，而且也没有有效的组织，如何抵挡日军？菲律宾各岛上在一个月之内先后多达数十支起义部队被镇压下去，被日军屠杀的达十几万人。
为了节省药，日军也不浪费子，将那些被抓活的起义者全部用刺刀挑死，把尸体挂在各个乡村村落和城市的城门口示众，这一举动确实震慑了许多菲律宾本地人，此后直到盟军全面占领菲律宾也没有再出现起义的事情。
宿雾岛最先被占领，日军在这里根本没有多少部队，戴安澜的一个师几乎在一个星期之内就横少了整个宿雾岛，岛上一千多日军被打死九百多人，剩下一百多人被俘。
宿雾岛的丢失，让保和岛完全处于孤立的状态，岛上日军想跑都没地方跑，药打光了就全部用刺刀与远征军和华泰军士兵进行白刃战，可惜盟军不给他们这个机会。
12月14日，宿雾岛和保和岛相继被盟军攻陷，眼看着内阁罗斯岛饿守不住了，日军萌生了向班乃岛撤退的想法，而盟军从四面沿海登陆的行动更加坚定了日军的这个想法。
12月18日凌晨三点，日军在内格罗斯岛的剩余大部分兵力在基马拉斯海峡东岸集结准备乘坐大批木船渡过吉马拉斯海峡撤退到班乃岛，可是这一情况早就被盟军发现。
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