而有些眼红华人财富的土着自然是正中下怀，而殖民者或者为土着提供武器，或者自己亲自带队上场，造成了一次又一次排华的大屠杀事件。其中最着名的是明万历31年（1603年）的菲律宾马尼拉华人大屠杀，清乾隆5年（1740年）的爪哇红溪惨案，在这两事件中丧生的华人都达到数万人。而除了这两次大规模的排华屠杀事件之外，几乎每隔十几年，南洋总会发生一次排华事件，只是规模的大小不同。
另外南洋排华事件的频频发生，也和当时中国政府的毫无作为有极大的关系，其实在马尼拉华人大屠杀、红溪惨案发生时，中国在亚洲还有绝的主导优势，因此在惨案发生以后，当事的西班牙、荷兰殖民当局都怕遭到当时中国政府的报复，因此都主动派出使者到中国来辩解，但中国这最后的两个封建王朝对待这两场惨案的处理方式几乎是一模一样。
万历皇帝对西班牙殖民当局发布了一份《谕吕宋檄》，其有：“海外争斗，未知祸首；又中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革?又商贾中弃家游海，压冬不回，父兄亲戚，共所不齿，弃之无所可惜，兵之反以劳师。”
而乾隆对红溪惨案的态度是：“天朝弃民，不惜背祖宗庐墓，出洋谋利，朝廷概不闻问。”甚至在红溪惨案的幸存者陈怡老，带着财物和子女逃回福建，结果被地方官当即逮捕，乾隆高度重视，让刑部审理，罪行和处罚是：“应照结交外国、互相买卖借贷、诓骗财物，引惹边衅例，发边远充军，番妾子女俭遣，银货追入官。”
进入18、19世纪以后，由于各殖民地的组织制度提高，排华事件到是减少一些，马尼拉华人大屠杀、红溪惨案这样重大的排华屠杀事件没有发生，但也没有完全杜绝，而且排华事件在荷兰属殖民地发生较多，其他殖民地则要少一些，这是由于其他国家如美英法西葡等国，要么是国力较强，而国力不强的殖民地较少，因此他们对殖民地的控制能力也较强，不用挑动华人和土着的矛盾，毕竟一但发生排华屠杀事件对殖民地的经济打击也是相当大的。
但荷兰的国力不强，在亚洲控制的殖民地面积却达到160余万平方公里，虽然荷兰采取全面依附英国以保障殖民地的安全，但要控制这么广大面积的殖民地，荷兰仍然是力不从心，只能不断挑拨华人与土着的矛盾，制造排华事件，要确保自己对殖民地的控制。
张振勋在南洋创业期间，就至少经历了三次排华事件，只不过他致富以后，十分重视和荷兰殖民当局搞好关系，而且也有足够的资本雇请人员，组织私人武装，来保护自己的家人和产业，虽然会在财物上受些损失，但也影响不大，但每次排华事件发生后，总有多则上千人，少则数百人丧身，大量的财产被抢夺，对此而张振勋却无能为力。
在1893年，张振勋主动和清廷接触，并且出任清廷的官职，除了故土情节之外，还有一个很重要的原因，就是希望清廷能够对南洋华侨提供保护。因为当时清廷经历了30余年的洋务运动，颇有几分中兴的气像，而且还建立了北洋水师，号称世界第6，亚洲第1，因此张振勋对清廷还抱有一定的希望。
但仅仅只过了一年，清廷在甲午战争中惨败，北洋水师全军覆没，中兴也成了一场梦。而且经过接触，张振勋也进一步了解了清廷的腐败无能，因此对清廷的情况有了十分淸楚的了解，因此虽然在清廷为官，但却只限于商业、而不问政事。
这次张振勋在广州筹办粤汉铁路的事情，收到来自巴达维亚的电报，才知道在爪哇又发生了排华事件。虽然张振勋对清廷并不抱多大希望，但还是把死马当活马医，想找广东巡抚或是两广总督，向清廷通报，希望淸廷至少能通过外交途径，向荷兰政府施加压力，让荷兰殖民当局收敛一些。
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