从理论上来说，有1/3的舰员就可以开动军舰，而有2/3的舰员就可以基本保证军舰的战斗力了，但考虑到这一次执行的是远洋任务，时间较长，舰员们需要轮流休息，以确保良好的状态，因此军委还是决定，让昆明舰全员出航。而且不仅仅是舰员，就连原昆明舰的舰长，现任海军部部长尚晋峰也亲自出征，同时他还被任命为这次护侨任务的总指挥。
这次是海陆军协同行动，需要指挥者有足够的资历，能力镇得住海陆部队；又是在距离青岛有6500余公里的地方执行任务，虽然穿越者有远距离的无线通讯设备，但毕竟相隔太远，一但发生了突发事件，需要指挥者有足够的判断和决策能力，而这一次护侨行动不仅仅是保护爪哇的华侨，而且还要逼迫荷兰殖民当局允许华东政府在爪哇占据一个据点，因此还很有可能会和荷兰殖民当局进行谈判，同样需要指挥者有足够的政治经验和外交能力。
而在穿越之前尚晋峰是驱逐舰舰长，资历和军衔都要高于其他4名护卫舰舰长，在穿越者中军衔与夏、秦、肖三人相同，都是大校，而现在同为中将，资历自然是足够的；虽然说军人不能干政，但军人也不能不懂政治，在人民军海军成立以后，尚晋峰就一直担任海军部部长，政治经验也是足够；而且在穿越之前，尚晋峰先后10余次随舰出访，也积累了相当的外交经验，因此由他担任这次行动的总指挥，确实是最适合的人选。
就在华东政府的先期部队准备完毕时，张振勋也作好了自己的安排，首先是自己的侄子张子章正在广州，他跟随张振勋多年，现在己经是能够独当一面的人物，在张振勋的商业帝国中，几乎都认识他，因此由他随昆明舰一起去爪哇，沿途可以在张振勋经营的港口停靠补济。双方约定在广州的海面上汇合。
而在爪哇，则是由张振勋的儿子张秩君来负责协助人民军的工作，在张振勋转向中国以后，张秩君就一直留守爪哇，负责处理爪哇的各项事务，他在爪哇的活动能力几乎和张振勋完全一样，张振勋也将华东政府的要求发电给儿子，要求他务必全部照办？
秦铮则又建议张振勋暂时留在青岛，等昆明舰到达爪哇，因为这个时代的通讯是靠有线电报传递，一但军舰出海，就等于是断了通讯，但华东政府有超越这个时代的无线电台，可以随时和昆明舰联络。而昆明舰到达爪哇还有6、7天的时间，华东政府需要随时知道爪哇那边的各种情况，并且通知给昆明舰，让先期部队做好充份的准备。张振勋留在青岛可以做为爪哇和华东政府之间的中转，让华东政府充份的掌握爪哇的各种情况。
当然张振勋留在青岛，也可以和上海工商团一起进行后面的考查，虽然工商团己经参观完了青岛的各大工厂，但在后面还有重头节目。而对华东政府来说，张振勋本身就是一位很出色的实业家，不仅有钱，见过大世面，而且在南洋有巨大的影响力，如果能够吸引他在山东进行投资，对南洋华侨来说，将会有巨大的带动作用。而吸引南洋华侨到山东来投资，是华东政府最希望达到的目标。
张振勋虽然对华东政府有无线通讯的能力还有些半信半疑，但在这个时候也只能选择相信华东政府，而且通过这两天的接触，他对华东政府的好感大增，无论这次护侨能不能成功，但华东政府对待南洋华侨的态度都要比清廷强得多，因此在山东进行投资，到也不是不可以。
第三天清早，张振勋在青岛栈桥码头目送着昆明舰离开，心里却生出了一丝不真实的感觉来，这艘军舰将从中国的本土出发，远赴爪哇去保护当地的华侨，这是数百年来南洋华侨一次翘首以盼的事情，竟然就在这三天时间内就轻易实现了，而且自己来青岛，也不过是抱着试一试的心态，根本就没有想到会有这样的结果。事实上就在昨天晚上，张振勋的心里都还不敢完全相信这是真的。而现在张振勋甚致都在怀疑这些是不是幻觉。
当然张振勋十分清楚这些并不是幻觉，而是真实发生的，因此看着昆明舰远去的舰影，张振勋忽然想到，中国的希望，或许就在这批人身上。
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