虽然日本对战争进行了选择性的报道，只宣布了击败人民军舰队的海上进攻，而将45师团被人民军击败的消息进行了隐瞒，但山县有朋还是放弃了反击人民军的作战计划，毕竟没有了45师团的牵制，山县有朋也对主动出击，击败人民军失去了信心，不敢冒险，而且现在日本也没有冒险的资本。不过现在日本的军队守住东京，还是有相当的把握。
而且山县有朋还是制定出了一个新的作战计划，就是等待着人民军再次向守谷发动进攻，这样日军一边驻守阵地，一边派遣军队绕到人民军的侧后方，威胁人民军的后路，这样还是两线夹击，力争击败人民军，或者是逼迫人民军主动从海上撤退。
不过山县有朋一连等了5天的时间，人民军并没有向东京再次发动进攻了，而这此其间，又有1个师团赶到了东京增援，使东京地区的日军总兵力达到12个师团，山县有朋能够直接指挥的军队就有11个师团。军队多了，山县有朋的底气也足了不少，于是决定试探着向人民军发动一次进攻，结果发现石冈竟然只是一座空城，人民军显然是放弃了石冈，于是日军兵不血刃就收复了石冈。
而山县有朋得报之后，也立刻感觉到情况有异，干是立刻派人到水户一带打探人民军消息，结果竟然发现人民军己在一天以前，就己经全部撤离了水户，走得一干二净。
得知人民军己经撤退的消息，日军上下都兴奋异常，虽然只有短短的10天时问，东京的居民、**、皇室都承受了巨大的压力，而威胁也终于彻底解除了，不管怎么说，日本取得了保卫东京最终的胜利，紧张的情绪立刻得到了宣泄，有不少人都上街头狂呼庆贺，天皇甚致打算举行一个盛大的庆典，来庆贺这次胜利，
但只有山县有朋一个人觉得这次的战斗有些不对，因为现在回想起来，这场战争有很多不合理之处，从常理来说，人民军在水户登陆之后，要么在水户建立稳固的立足点，以作长久之计；要么就是立刻进攻东京，速战速决。
结果人民军两样都没有做，登陆的第三天才进攻石冈。如果进攻石冈是由于军队海登陆，耽误了时间还情有可原，但在人民军在攻占了石冈之后，并没有立刻进军，继续进攻东京，反而停了下来回去头去进攻水户周边那珂、茨城町等地，又停了好几天才再次发动进攻。虽然攻取那珂、茨城町等地，可以说是要保护水户的周边地区，但那是确定要在水户固守的战术，人民军从登陆一开始就应该这样做，而不是首先进攻石冈，然后回过头去固守立足点，何况人民军攻占了石冈之后，几乎可以直接发动对东京的进攻，只要拿下了东京，那么舰队更可以驶入东京湾，与登陆的军队汇合，根本就不必在意水户的得失，因此这样的用兵方式也太不理解了。
另外，在拖了近10天的时间之后，人民军才再次向东京发动进攻，但投入的兵力还不到3万人，要知道人民军这次登陆日本，共计投入了约10万的兵力，又耽误了这么多天，却只聚集了不到3万的军队最终进攻东京，这无论如何也不像是要尽全力一鼓作气突袭东京的样子啊。如果人民军能够聚集5万左右的兵力，分从两线夹击东京，那么东京现在恐怕是早就己经失守了。
只是先前由于战争紧急，因此山县有朋只想着怎么守住东京，没有注意到这些不合理的地方，而现在人民军撤军了，山县有朋静下心来仔细一想，发现这其中有太多的疑点了。
那么人民军这次突袭东京，到底是打算干什么呢？山县有朋也不禁陷入了沉思中。
这在这时，有人匆匆赶到，向山县有朋报告，京都失守了。山县有朋的脑袋“嗡”了一声，这才明白过来，原来人民军的真正用意是京都，根本就不是东京。
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