在这三个作战计划之中，参谋部和特种部队的指挥部进行了反复研究和比较，还组织了几次推演，最终确定优先选择第二计划，第三计划做为备选，而放弃第一计划，同时又和安全部协商，对第二计划进行了一定的修订，即可以在从北京到颐和园之前准备几个临时据点，让部队先进驻临时据点，这样也可以增加拦截的成功率。
当然除了阻止慈禧、光绪出逃之外，在正面战场上，华东政*府也完全做好了战斗的准备。这次作战，将投入3个野战军，共计约13万兵力，分别从东、南、西三个方向，对北京城区进行合围。
东面由中部军区第11野战军负责，从天津出击，沿津京铁路前进，直捣北京；南面由西南军区第12野战军负责，由河北顺德府出击，沿正定府、保定府、涿州一线，一路北进，在北京与11野战军汇合，对北京形成合击之势；西面由西北军区第5野战军负责，由潞安府出击，沿太行山一东麓进击，攻占宣化府，切断北京与山西之间的联系，阻止从北京向山西逃撤。
东北军区按兵不动，负责监视俄军的动向，因为这时间俄国显得十分活跃，因此有必要防着俄国一手。
另外在南方，华东政*府也有军事行动，这条战线将由海军陆战队和东南军区第9野战军负责，沿长江逆游而上，进攻武昌府，并进而占领湖北省的长江以南地区。海军陆战队负责进攻武昌府的登陆作战，第9野战军负责随后攻占湖北省的长江以南地区的任务。
现在华东政*府和清廷的东南地方势力是以长江为界，华东政*府占据长江以北及太仓州和松江府两地，清廷的东南地方势力占据长江以南的地区。而且这一次作战的目标是攻占北京，灭亡清廷，统一北方，南方地区并不在这一次的作战计划之中。
但南方迟早也是要占领的，华东政*府不可能接受以长江为界的南北分治，因此军委认为，这一次作战，在南方也应搞点动静出来，至少在长江以南的地区占据几个要点，一是打破清廷的东南地方大员们南北分治的幻想；二是为将来华东政*府向南方进军时，在江南地区有几个可靠的支点，不必再进行渡江作战。
军委选择的目标是武昌和南京，这是长江沿线上两个最重要的城市，一但华东政*府控制了这两个城市，再加上己在华东政*府手里的太仓州、松江府，三点联成一线，华东政*府将可以彻底控制长江的中下游江段。
军委将这个作战计划提交给行政院，而经过慎重的考虑之后，行政院基本认同这个计划，但认为南京是袁世凯的地盘，现在华东政*府和袁世凯的关系还不错，暂时也没有必要破坏，因此将南京从这次的作战的目标中删除，只留下武昌府，同时决定将作战范围扩大到湖北省的长江以南地区。
因为这次作战的主要目地是在长江以南的地区占据几个要点，为将来华东政*府向南方进军作准备，占领了湖北省的长江以南地区，也基本达到这个目标，占不占领南京，作用并不是太大，而且湖北省位于长江中段，东邻安徽，西连四川，西北与陕西接壤，南接江西、湖南，北与河南毗邻。自古以来就是东西南北的折冲要路，战略重地，因此占领了湖北省全境，可以作为华东政*府将来向南方进军的总基地。
另外在张之洞任总督的时候，曾兴建了一大批近代工矿企业及学校，虽然在华东政*府看来，水平十分落后，但在整个中国来说，己算是很先进，至少也能算有一定的近代工业、教育基础，还是有很大的价值。
现任的湖广总督是赵尔巽，湖北巡抚是端方，华东政*府和他们可没什么交情，因此攻占湖北省也完全没有什么顾忌的，可以放手去做。
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