锦衣卫在仁武时代逐步转变成了现代警察机构，归属也转到了朝廷上。
少师。
分管拥军、祭祀、农业、水利，分管部门：
农部：负责农业、农村、农田、林业、渔业、畜牧业等农业相关工作。
水部：水力资源的勘探和开发，水利设施的规划和建设。
太常寺：负责英烈、功勋、退伍军人的安置和保障，负责国家祭祀活动。
少傅。
分管天文、气象、历法、授时、资源、环境、交通，外交，分管部门：
钦天监：负责气象记录和预测以及相应技术的研究，负责天文学相关学科的研究，负责历法的编制和校正，负责全世界范围内官方时间的授时工作。
太仆寺：负责自然资源的勘探和管理，负责环境保护和污染治理，负责全国的马匹、车辆、船舶、飞机等所有交通工具的登记和管理。
少保。
分管卫生、健康、社会保障、劳动保障，分管部门：
民部：负责劳动保护和社会福利的制定和实施以及监督。
太医院：负责所有医院、医生、医学方面的事务。
光禄寺：负责所有食品和卫生安全以及民众健康相关的政策制定和监督。
在九卿的职责之外，仍然有一批直属皇帝的独立部门。
六科：专门针对中央衙署各部的官员本人的监督和弹劾机构，皇帝当然不能把它不能交给本身也是被监督对象的九卿管理。
大理市：本身是最高法院，同时地方司法机构的上级机构，独立于其他部门独立运作。
现在大明地方的布政使、知府、知县等政务官员已经没有司法权了。
司法独立是世祖皇帝坚持和推广的政策，后续皇帝和官员也都已经接受了这种习惯，所以也不能交给九卿直接分管。
五军都督府：大明的统兵和指挥机构，负责世界范围内的军事管理和作战，是独立于朝廷文官体系之外的武官系统，当然也不能给朝廷得九卿管。
内阁：本职是机要秘书工作，负责皇帝意志和政策的整理和推动与落实，负责朝廷内外上下的联络和协调，负责改革措施的制定和推动，负责审计和统计工作。
内阁是属于皇帝本人的幕僚和内廷官员，地位以后会提升到九卿和尚书之间的地位。
军机处：军事参谋机构，负责战略战术的研究，负责作战计划的制定。
通政司：负责各类文件的上传、下达、回收，各种公文、通知、规定的下发和确认。
宗人府：管理宗室事务的官方机构，内部职务全部由宗室成员担任。
宗人府内设宗人院，成员为所有通过了储位教育，完成施政实训的近支宗室成员。
宗人院成员无权直接担任朝廷正式职位，但有权对朝廷部门的政策和决定提出质疑，对应的部门必须做出合理的解释。
大明皇家银行：大明的中央银行，负责货币制度的制定和货币发行，金融制度的制定和执行，民间钱庄和银行的登记和管理。
皇室财团：皇室所有的大型工商业集团，其本身的规模相较于朝廷也不能算小了，是皇帝制衡文官系统的重要依仗。
皇庄：皇室所有的海外土地，最重要的就是新天府，是一个高度独立的体系，也是皇帝制衡文官系统的重要依仗。
东厂：负责对内的特殊安全和情报信息工作。
西厂：负责对外的情报信息工作。
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