后来，王建欲重新选立继承人，宠妃徐氏联合内宦唐文扆、宰相张格，为其子王衍谋求太子之位，张格还私下联络王宗侃等功臣，拿出了请立王衍为太子的奏章，诈称是受王建密旨而作，骗得他们在奏章上署名。故此王衍虽在兄弟中最幼，但最终却被王建立为皇太子。
蜀宫突发大火，王宗侃时为诸军都指挥使兼中书令，欲率卫兵入宫救火。但王建宁可让百尺楼中贮藏的宝物全部毁于大火，也不肯打开宫门放军队入宫扑救。后来，王宗侃被封为乐安郡王，又加守太师。
王建再次出兵，以王宗侃为东北面都招讨，让他统领东路军，和西北面都招讨刘知俊的西路军一同攻打岐国。但刘知俊本是岐国降将，难以节制麾下诸将，故此伐岐无功，又遭到王建忌惮，被召回成都杀害。王宗侃遂被拜为北路行营东西两面都统，总领东、西两路蜀军，继续对岐作战，最终迫使李茂贞遣使求和。随后不久，王建病逝，后主王衍继位，王宗侃又以山南节度使一职出镇兴元，并加授检校太师、兼中书令，进封乐安王。
王宗侃被赐号“扶天佐命匡圣保国功臣”，并获许于私第立戟门，又被进封为魏王，加守侍中、修奉太庙使，弘文馆大学士，判度支。病逝于成都龙池坊私第，终年六十六岁，王衍为此辍朝七日，亲自到王宗侃府中吊丧，并赏赐班剑、羽葆、鼓吹、旌旗、仪卫等，追赠其为尚父、梁雍秦三州牧，赐谥号为景武。
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