太平公主屡立大功后，权势地位更加显赫重要，李旦经常同她商量朝廷的大政方针，每次她入朝奏事，都要和李旦坐在一起谈上一段时间，有时她没去上朝谒见，李旦会派宰相到她的家中征求她对某些问题的处理意见。每当宰相们奏事的时候，李旦就要询问：“这件事曾经与太平公主商量过吗？”接下来还要问道：“与三郎商量过吗？”在得到宰相们肯定的答复之后，李旦才会对宰相们的意见表示同意，三郎指的是皇太子李隆基。
凡是太平公主想干的事，李旦没有不同意的，朝中文武百官自宰相以下，或升迁或降免，全在她的一句话，其余经过她的举荐而平步青云担任要职的士人更是不可胜数。由于太平公主的权势甚至超过了李旦皇帝，所以对她趋炎附势的人数不胜数。太平公主的儿子武崇行、武崇敏、薛崇简三人都受封为王。太平公主的田产园林遍布于长安城郊外各地，她家在收买或制造各种珍宝器物时，足迹远至岭表及巴蜀地区，为她运送这类物品的人不绝于路。太平公主在日常衣食住行的各个方面，也处处模仿宫廷的排场。
李旦则试图在李隆基和太平公主之间寻求政治平衡，以避免伤害到任何一人，在此期间，太平公主曾劝说李旦下旨，搜集编撰了上官婉儿的着作，保留了这位才女的作品。太平公主认为太子李隆基还很年轻，因而起初并未把太子放在心上，不久之后又因惧怕太子的英明威武，转而想要改立一位昏庸懦弱的人作太子，以便使她自己能长期保住现有的权势地位。太平公主屡次散布流言，声称“太子并非皇帝的嫡长子，因此不应当被立为太子。”
李旦颁下制书晓谕警告天下臣民，以平息各种流言蜚语，太平公主还常常派人监视李隆基的所作所为，即使一些细微之事也要报知李旦。此外，太平公主还在李隆基身边安插了很多耳目，李隆基心里感到十分不安，太平公主同益州长史窦怀贞等结成朋党，想加害于太子李隆基，便指使她的女婿唐晙邀请韦安石到自己的家中来，韦安石坚决推辞，没有前往。
李旦曾经秘密地召见韦安石，对他说：“听说朝廷文武百官全都倾心归附太子，您应当对此多加留意。”韦安石回答说：“陛下从哪里听到这种亡国之言呢！这一定是太平公主的主意。太子为宗庙社稷立下了大功，而且一向仁慈明智，孝顺父母，友爱兄弟，这是天下人都知道的事实，希望陛下不要被谗言所迷惑。”李旦听过这话之后十分惊异地说：“朕明白了，您不要再提这件事了。”
当时，太平公主正在帘子后面偷听他们君臣之间的谈话，事后便散布各种流言蜚语对韦安石横加陷害，想把他逮捕下狱严加审讯，多亏了郭元振的救助才得以幸免。太平公主还曾乘辇车在光范门内拦住宰相，暗示他们应当改立皇太子，在场的宰相们全都大惊失色。宋璟大声质问道：“太子为大唐社稷立下了莫大的功劳，是宗庙社稷的主人，公主为什么突然提出这样的建议呢！”
宋璟与姚元之秘密地向李旦进言道：“宋王李成器是陛下的嫡长子，豳王李守礼是高宗皇帝的长孙，太平公主在他俩与太子之间互相构陷，制造事端，将会使得东宫地位不稳。请陛下将宋王和豳王两人外放为刺史；免去岐王李隆范和薛王李隆业所担任的左、右羽林大将军职务，任命他们为太子左、右卫率以事奉太子；将太平公主与武攸暨安置到东都洛阳。”李旦说：“朕现在已没有兄弟了，只有太平公主这一个妹妹，怎么可以将她远远地安置到东都去呢！至于诸王则任凭你们安排。”于是先颁下制命说：“今后诸王、驸马一律不得统率禁军，现在任职的都必须改任其他官职。”
太平公主得知姚元之与宋璟的计谋之后勃然大怒，并以此责备李隆基，李隆基感到害怕，便向李旦奏称姚元之和宋璟挑拨自己与姑母太平公主和兄长宋王李成器、豳王李守礼之间的关系，并请求对他们两人严加惩处。李旦将姚元之贬为申州刺史，将宋璟贬为楚州刺史，宋王李成器和豳王李守礼被任命为刺史的事也停止执行。
太平公主指使一个懂天文历法的人向李旦进言说：“彗星的出现标志着将要除旧布新，再说位于天市垣内的帝座以及心前星均有变化，所主之事乃是皇太子应当登基即位。”李旦说：“将帝位传给有德之人，以避免灾祸，我的决心已定。”太平公主和她的同伙们都极力谏阻，认为这样做不行，李旦说：“中宗皇帝在位时，一群奸佞小人专擅朝政，上天屡次用灾异来表示警告。朕当时请求中宗选择贤明的儿子立为皇帝以避免灾祸，但中宗很不高兴，朕也因此而担忧恐惧以至于几天吃不下饭。朕怎么能够对中宗可以劝他禅位，对自己却不能做到这一点呢！”于是，传位太子李隆基，自己退为太上皇，改元先天。
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