南诏和吐蕃联军进犯文川、方维、邛崃，攻占了一些州、县城，人民都逃跑躲到山谷之中。崔宁正在朝廷，军队没有主帅，唐德宗催崔宁回驻地。杨炎因已和他有矛盾，怕他到蜀地无法制服，就劝皇帝说：“蜀地是国内地形封闭的地方，自从崔宁擅自统管，国家失去这一地区已经十四年了。现崔宁虽入京，但他的全部军队控制着蜀地，赋税交给皇上的和没有差不多。崔宁本来和诸将平级，单靠作乱得高官，不敢专权，靠恩惠怀柔，因此没有威信。现要他回去，必定不能建功，这是白派他回去了；如果他立了功，按道理不能夺他的权，那么因为蜀地闭塞，战败了当然就丢了，战胜了也不归朝廷拥有。请皇上深思。”皇帝说：“你有什么办法呢？”杨炎说：“请不要让崔宁回去。现朱泚率领的范阳精兵在近郊防守，让他们和禁军一起去，战无不胜。利用这次作战把禁军派到了蜀地中心，那么蜀中将领就害怕不敢乱动，以后再换派别的人统率，来收回他们的权力，就得到了千里肥沃的土地，这叫作利用小灾得到大利。”皇帝说：“好。”于是罢免了崔宁的西川节度使，改为兼任京畿观察使，灵州大都督，单于、镇北大都护，朔方节度，鄜、坊、丹、延州都团练观察等使。假托用重臣镇抚北部边境，但每道都派留后官，让他们能自己报告情况，杜希全在灵州，王翃在振武，李建徽在鄜州，以及戴休颜、杜从政、吕希倩都是杨炎任命的，要他们窥探崔宁的过错。
崔宁巡边到了夏州，和吕希倩一起招抚党项，很多人投降了，杨炎讨厌这事，就上奏说吕希倩没有安抚边境的才能，派神武将军时常春代替他。改封崔宁为尚书右仆射、知省事，仍任司空。
朱泚反叛，皇帝逃到奉天，崔宁过几天来了，皇帝很高兴，崔宁对亲近的人说：“皇上聪明，从善如流，只是被卢杞等迷惑才到了这地步。”还因此流下了眼泪。卢杞听说了这事，想找机会在皇帝面前诬陷崔宁。王翃说逃出长安时，和崔宁一起出延平门西行，崔宁多次下马上厕所，时间都很长。王怕叛军追赶，就喊道：“已到这里来了，还想观望吗？”卢杞听说了，就示意王翃告诉皇帝。遇到朱泚用反间计，任命柳浑为宰相，崔宁为中书令。当时崔宁的朔方掌书记官康湛任铥扁县县尉，王逼他伪造崔宁给朱泚的信献上。卢杞于是上奏说：“崔宁起初就没有效忠皇帝的心，先前听说他已就任叛贼中书令，现果然后到，又查获了他给叛贼的信，反叛行为很清楚了。
如叛贼从外进逼，奸臣在内响应，那么国家就完了。”他接着跪伏哭着说：“我承乏当宰相，在危急时不能扶助皇上，罪该处死。”皇上令侍从把他扶起来，就召唤崔宁到大堂上，说是要派他到江淮去任宣慰使，一会儿宦官把崔宁领到帷幕后边，命两位力士勒死了他，终年六十一岁，崔宁死后，抄没了他的家产，朝廷内外都认为他冤枉，皇帝就赦免了崔宁的亲属，归还了他的家产。崔宁旧将夏、绥、银节度使韩潭，请求以追封礼部尚书官衔来昭雪崔宁的罪名，皇帝于是下诏命崔宁家人收尸改葬。
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