延王李戒丕从河东回到华州，韩建得知李克用近期遭败而无暇西顾，便更加肆无忌惮地剪除昭宗的羽翼。他上表称李嗣周、李戒丕等诸王谋反，请杀之，昭宗不予回复。韩建便与宦官知枢密刘季述矫诏抓捕十一王（李嗣周、李戒丕、丹王李允、通王李滋、皇兄仪王、皇弟睦王李倚、嗣济王、嗣韶王、皇叔祖彭王李惕、嗣韩王李克良、嗣陈王），将他们及侍者驱赶到石堤谷，无论老少通通杀死。
昭宗以韩建为镇国、匡国两军节度使、长春宫使，韩建经营南庄，起楼阁，欲邀昭宗游幸，再废了他，改立太子李裕。其父韩叔丰对他说：“你只是陈、许间一介田夫，遭遇时局变乱，蒙天子厚恩才有了现在的地位，却想凭借两州百里之地行大事，我不忍见灭族之祸，不如先死！”说着就哭起来，李茂贞、朱全忠也都跃跃欲试，欲夺昭宗，韩建畏惧，于是作罢。
韩建和李茂贞为了防止朱全忠西征，决定修复长安宫殿，迎昭宗回京，并同李克用讲和。宫阙重建由韩建全权负责，他派都将蔡敬思督建，亲自视察新宫。昭宗回京，韩建留在华州，昭宗拜韩建为守太傅，升华州为兴德府，以韩建为府尹；亲自为韩建画像，再次封韩建为颍川郡王，并赐铁券及御笔“忠贞”二字，韩建屡次上表辞王爵，因而昭宗于改封他为许国公。
此时，韩建炙手可热，身兼宣力兴复功臣、镇国匡国等军节度管内观察处置修葺宫阙同州长春宫等使、开府仪同三司、守太傅、兼中书令、兴德尹、使持节同州诸军事、兼同州刺史、上柱国、许国公、食邑四千户、食实封一百户，获铁券所赐恕九死，子孙恕二死，如犯常刑，有司不可加责，诏付史馆，颁示天下。
时任左军中尉刘季述和右宫中尉王仲先废黜并幽禁昭宗，进士李愚上书韩建，请求勤王，韩建却不采纳，坐视昭宗被废。昭宗复辟，宰相崔胤建议将宦官斩尽杀绝，宦官韩全诲、张彦弘闻讯，便与李茂贞勾结，崔胤也怕宦官先杀自己，便请求朱全忠率军到长安对付宦官。韩全诲将昭宗劫持至凤翔，韩建支持。
此时，朱全忠军正向长安推进，韩建幕僚匡国军留后司马邺率先迎降，朱全忠派司马邺入华州，对韩建说如果不投降，就要兵戎相见。韩建派镇国军节度副使李巨川请降，并献银三万两助军。朱全忠一度放过韩建，但张濬却主张韩建作为李茂贞同党，理应铲除，以绝后患，于是朱全忠掉头攻打华州，韩建惊慌失措。朱全忠这次派副典客马嗣勋入城劝降韩建，韩建单骑与他同出迎谒朱全忠，朱全忠面责韩建以往过失，韩建将责任全部推卸给李巨川，朱全忠便斩了李巨川，而原谅了韩建，对他说：“韩公是许州人，可以衣锦还乡。”于是，任命他为忠武军节度使，治陈州。
李茂贞交出昭宗，向朱全忠求和，朱全忠迫使昭宗迁都洛阳，韩建前去迎驾。朱全忠奏请以长安为佑国军，以韩建为佑国节度使，重建长安城。朱全忠为了杜绝韩建与李茂贞重新联合的可能性，便将韩建调任为淄青平卢节度使。
朱全忠迫使唐哀帝禅位，代唐称帝，建立后梁，改名朱晃。朱晃即位后，将韩建调回中央，任命他为守司徒、同平章事，充诸道盐铁转运使。朱晃认为韩建有文武之才，且懂得农业、军事、财政等事务，想详细询问，所以在当时对他恩泽特异，后梁臣僚中几乎没有能与之相比的。
朱晃以韩建为侍中，兼建昌宫使，权判建昌宫事。朱晃性格残暴不讲理，大臣不敢劝谏，唯有韩建时有建言，朱晃也优容他。朱晃郊祀于洛阳，以韩建为大礼使，罢相，拜守太保，诏命他每逢月旦、十五日入阁称贺赴朝参，其他时候不必入见，以示优礼。朱晃于文明殿受宰相以下问起居，韩建率百官排班等候，朱晃升坛致谢，除授匡国军节度使、陈许蔡观察使，令中书门下不得限定其任期及替换他。
朱晃被其子郢王朱友珪所弑，后梁因而人心动摇，许州军士相继报告有变乱，但韩建不在意，未做防备。马步都指挥使张厚发动兵变，在衙署杀死韩建，末帝朱友贞追赠其为太师。
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