十二月十四日，清军前锋已过开城，仁祖终于“定去邠”之议，安排金瑬之子金庆征、李敏求等护送世子嫔姜氏和凤林、麟坪两大君以及庙社神主先行出发。
史称其时“上下皇皇，罔知所为，都城士大夫扶老携幼，哭声载路”。
未时，仁祖及昭显世子等出发前往江华岛，刚到崇礼门，就听说清军前锋已抵达汉城西郊。朝鲜训练都监李兴业率领的80多人的小股骑兵被清军击败。
吏曹判书崔鸣吉请求去清营周旋，仁祖同意。崔鸣吉和都承旨李景稷便设宴欢迎马福塔、劳萨等。仁祖一行趁机转进，到了汉城南四十里的南汉山城。
翌日清晨，仁祖在金瑬等人的劝说下打算从南汉山城前往江华岛。然而风雪甚紧，一路颠仆，被迫折返南汉山城。
其后仁祖担心中途被清军俘虏，听从南汉山城守御使李时白的建议，不再考虑逃往江华岛，决定死守南汉山城。
南汉山城防守部署是：
训练大将申景禛，负责东城望月台。
总戎使具宏，负责南城。
守御使李时白，负责西城。
军器寺提调李曙，负责北城。
十二月十五日，崔鸣吉从清营回来，转告了马福塔等提出的王弟与大臣为人质的议和条件。于是仁祖派远房王族李偁冒充王弟、刑曹判书沈諿作为大臣前往清营。
清军逼问两人是否是真王弟、真大臣时，沈諿不敢回答，遂被清军识破。朝鲜使臣朴兰英坚称二人为真，为清军所杀，清军扬言必须送出世子才能议和。
十二月十七日，仁祖派左议政洪瑞凤、户曹判书金荩国、都承旨李景稷前往清营，清方还是坚持必须世子出来当人质，仁祖本有意答应。
但遭到礼曹判书金尚宪、驸马东阳尉申翊圣和台谏两司为首的斥和派官员的坚决反对而未果，双方首次交涉就此破裂。
十二月十六日，皇太极紧接着派遣的多铎、岳托等人所率部队与马福塔会师，初步包围南汉山城，“立栅困之”。
仁祖面对这种局面痛心疾首，曾哭着对群臣说：“三百年血诚事大，受恩深重，而逢废朝时所未有之事，诸卿诸卿，此何为哉？居人君之位、行人君之事者，今十四年矣。岂料终归犬羊禽兽也哉？诸卿诸卿，奈何奈何！”
十二月十八日，仁祖出行宫南门，颁布教书，宣布“君臣上下，同守一城，和议已绝，唯有战耳”，正式确立了“战守”的方针。
其后他拒绝了清军使者的和谈要求，并主张趁清军尚未完成包围之际“宜一番决战”。
从十二月十八日至二十九日，朝鲜军屡次出城作战。
初七日，清军战胜朝鲜全罗、忠清两道援军，南汉山城“势穷情迫”，称臣请罪。
皇太极要求严惩朝鲜挑起衅端的大臣，同时造船发兵攻入江华岛，获朝鲜王妃、王子及阁臣等人。
三十日，李倧亲至皇太极面前伏地请罪，史称“丁丑下城”。举行受降仪式后，留下其长子及次子为质，其余被俘妻子家口二百余人遣送还京。
二月初二日，皇太极自朝鲜班师。从此清朝代替明朝把朝鲜变成了藩属。朝鲜对清朝由以前的兄弟之称，更执藩臣之礼。
不久阿济格领兵攻克皮岛，斩明将沈世魁等，彻底解除了攻向关内的后顾之忧。
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