几乎人人都肯定西班牙的舰队是欧洲最强，直到1639年的唐斯战役中，疲态渐现的西班牙被尼德兰海军击败。
法王亨利二世去世后，西班牙参与法国的宗教战争。1589年，瓦卢瓦王朝最后的国王亨利三世在巴黎城外去世。其继位者、首位波旁王朝的法国国王纳瓦拉的亨利四世是能力出众的领导者。
他在阿尔克战役（1589年）和伊夫里战役（1590年）击败法国天主教联盟，取得重要胜利。腓力二世坚决要阻止亨利成为法国国王，于是分派军队到尼德兰，并在1590年入侵法国。
面对着与英格兰、法国、荷兰的战争，而对方都有卓越将领，处于破产的西班牙发现自身实力不及三者。西班牙为了脱离连串冲突的困局，在1598年与法国签订《韦尔万条约》，承认亨利四世（1593年开始成为天主教徒）为法国国王，并恢复卡托-康布雷齐和约中很多条款。
英国在海上多次战败，而西班牙又支持天主教徒在爱尔兰岛不断进行游击战，遂于1604年签订《伦敦条约》，当时英格兰君主是较易相处的新君，斯图亚特王朝的詹姆士一世。
西班牙与英法修好，使西班牙可以集中精力，巩固其对尼德兰的统治。当时荷兰领袖奥兰治的威廉之子、拿骚的毛里茨。
他也许是当代最有才略的军事家，在1590年以后夺取数个边境城市，包括布雷达要塞。西班牙与英国缔结和约后，其新任将领安布罗西奥·斯皮诺拉能力可与毛里茨相比，加紧进攻荷兰，却因为西班牙在1607年发生最后一次破产而未能成功。
西班牙和联合省在1609年签署《十二年停战协定》，西班牙终于再次回到和平，史称西班牙和平（拉丁语：Pax Hispanica）。
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